用于ggplot2中的循环生成列表

我想用for loop生成ggplots的列表。用于ggplot2中的循环生成列表

sig_snp<-c("rs644045_A","rs12997044_C","rs17739727_A") 

p_re<-list() 

for (i in sig_snp){ 
test %>% dplyr::select(i,type,micro1) %>% 
ggplot(aes(factor(type),log(micor1))) + 
geom_boxplot(aes(fill = factor(i)))+ 
xlab('')+ylab('log abundance')->p_re[[i]] 
}

的埃罗如下所示：

Error: All select() inputs must resolve to integer column positions. The following do not: * i

我已经以这种方式测试了每个i for循环：

test %>% dplyr::select(rs644045_A,type,micro1) %>% 
    ggplot(aes(factor(type),log(micor1))) + 
    geom_boxplot(aes(fill = factor(rs644045_A)))+ 
    xlab('')+ylab('log abundance')

它的工作单，但为什么在循环无法正常工作？

来源

2016-04-23 Ming

'test'在哪里？请显示一个可重复的例子 – akrun

[关于如何给出一个可重复的例子的信息]（http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example/5963610） – Jaap

我认为这是一个语法问题：如何使for循环中的'i'被识别为没有引号的原始名称？当我在for循环中测试每个'i'时，它会单独工作。 – Ming

如果你需要保持每SNP ggplot输出列表中，它也许是更好使用lapply将输出列表，例如：

library(ggplot2) 

#dummy data 
test <- mtcars 

#significant SNPs 
sig_snp <- c("mpg", "cyl", "disp") 

#create list of ggplots per SNP 
p_re <- 
    lapply(sig_snp, function(i){ 

    ggplot(test, aes_string("qsec", i)) + 
     geom_point() 

    }) 

#assign names 
names(p_re) <- sig_snp 

#plot 
p_re$mpg

来源

2016-04-23 20:08:11 zx8754

棘手的部分是select_和get()：

的get()答案是从这里开始：Remove quotes from a character vector in R

然而，在我的情况下，它没有在工作loop.I认为这可能是由于增加一倍在我的代码循环（我不知道）。

无论如何，有是让它的另一种方式：

test[,c(sig_snp,"type","micro1")]%>% 
    melt(id=c("type","micro1"))%>% # head() 
    ggplot(aes(factor(type),log(micro1))) + 
    geom_boxplot(aes(fill = factor(value)))+ 
    xlab('')+ylab('log abundance')+facet_grid(.~variable)

我的想法从这里Looping over variables in ggplot

来源

2016-04-23 16:50:07 Ming

用于ggplot2中的循环生成列表

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