我可以使用python创建cytoscape应用程序吗？

我想创建一个用于分析蛋白质相互作用的新Cytoscape的应用，但我不知道我是否可以使用蟒蛇或只是的Java。我可以使用python创建cytoscape应用程序吗？

2017-06-18 layesim

像这样的问题是这个网站的焦点话题。询问前请阅读[问]。 –

欢迎来到stackoverflow.com。请花些时间阅读[帮助页面]（http://stackoverflow.com/help），尤其是名为“[我可以在这里询问什么主题？]（http://stackoverflow.com/help/on -topic）“和”[我应该避免询问什么类型的问题？]（http://stackoverflow.com/help/dont-ask）“。也请[参观]（http://stackoverflow.com/tour）并阅读[如何提出好问题]（http://stackoverflow.com/help/how-to-ask）。最后，请学习如何创建[最小，完整和可验证示例]（http://stackoverflow.com/help/mcve）。 – ArturFH

伟大的问题。这是在这个论坛的范围内。

答案是“视情况而定”。 Cytoscape应用程序本身必须是Java（或者运行在JVM中的东西，尽管只有Java的文档支持，论坛会给出Java的最佳建议）。然而，Cytoscape Cyberinfrastructure（CI）允许基于Python的服务（例如Diffusion服务）被Cytoscape应用程序（例如Diffusion应用程序）调用。该服务必须部署在Web上某处（例如，在Kubernetes群集中）。

如果您需要该路线的帮助，您会发现热心的支持...请直接在googlegroups.com论坛上通过电子邮件发送cytoscape-app-dev。

来源

2017-08-03 23:53:03

你有任何关于这个应用程序的开发与java的想法 – layesim

是的......这是一个两部分的主张。首先，根据Cytoscape App Ladder（http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/AppDeveloper/Cytoscape_App_Ladder）中列出的步骤创建一个最小的Java应用程序。其次，创建一个可调用的Web服务（对于基于Python的服务使用cxmate ...，请使用https://github.com/cxmate/cxmate-py）。让Java应用程序对服务进行REST调用（https://stackoverflow.com/questions/3913502/restful-call-in-java）。 –

谢谢，我想添加不同的聚类算法以编码cytoscape应用程序的源代码 – layesim

我可以使用python创建cytoscape应用程序吗？

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