最简单的方法来测试R包安装在新鲜的R安装？

Question

我想测试一下，我已经设置了我的包依赖项并正确导入。我认为最好的检查方法是使用新的R安装，但我不想删除所有现有的库来执行此测试。

有没有一种相对无痛的方式来快速创建一个孤立的R实例只有基础库和测试安装？最好能够在我完成后轻松地将整个事情撕下来。

Answer 1

我已经安装在计算机上的蟒蛇/ miniconda，它可以被用来在我的机器上

conda create -n r-dev -c r r-essentials 

不幸的是创造的R环境ElementaryOS Loki 0.4。这并没有正确设置tk/tcl，运行conda install tk, conda install tcl没有帮助，结果是install.packages()在搜索CRAN镜像时会失败。我只需要devtools所以解决方法是使用

conda install r-devtools 

而且我需要Bioconductor的包，所以我需要

R>source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
R>biocLite("BiocInstaller") 

这样就完成了我所需要的环境，然后我用devtool::install_github()来测试我的包的安装。

Answer 2

您可以（相当容易）恰当地使用“库路径” - 例如通过环境变量R_LIBS和/或R_LIBS_USER。其他选项是直接设置.libPaths()。全部细节在help(Startup)。

与没有附加依赖关系的包结合使用时应该这样做。

这是一个小小的演示，只需在当前环境中使用文件~/.Renviron即可。我什么都没有，但“基地R”和它的包可见：

edd@brad:/tmp/libDemo$ cat .Renviron 
R_LIBS="" 
R_LIBS_USER="" 
R_LIBS_SITE="/usr/lib/R/library" 
edd@brad:/tmp/libDemo$ Rscript -e 'print(.libPaths())' 
[1] "/usr/lib/R/library" 
edd@brad:/tmp/libDemo$ Rscript -e 'print(installed.packages()[,1:2])' 
      Package  LibPath    
base  "base"  "/usr/lib/R/library" 
boot  "boot"  "/usr/lib/R/library" 
class  "class"  "/usr/lib/R/library" 
cluster "cluster" "/usr/lib/R/library" 
codetools "codetools" "/usr/lib/R/library" 
compiler "compiler" "/usr/lib/R/library" 
datasets "datasets" "/usr/lib/R/library" 
foreign "foreign" "/usr/lib/R/library" 
graphics "graphics" "/usr/lib/R/library" 
grDevices "grDevices" "/usr/lib/R/library" 
grid  "grid"  "/usr/lib/R/library" 
KernSmooth "KernSmooth" "/usr/lib/R/library" 
lattice "lattice" "/usr/lib/R/library" 
MASS  "MASS"  "/usr/lib/R/library" 
Matrix  "Matrix"  "/usr/lib/R/library" 
methods "methods" "/usr/lib/R/library" 
mgcv  "mgcv"  "/usr/lib/R/library" 
nlme  "nlme"  "/usr/lib/R/library" 
nnet  "nnet"  "/usr/lib/R/library" 
parallel "parallel" "/usr/lib/R/library" 
rpart  "rpart"  "/usr/lib/R/library" 
spatial "spatial" "/usr/lib/R/library" 
splines "splines" "/usr/lib/R/library" 
stats  "stats"  "/usr/lib/R/library" 
stats4  "stats4"  "/usr/lib/R/library" 
survival "survival" "/usr/lib/R/library" 
tcltk  "tcltk"  "/usr/lib/R/library" 
tools  "tools"  "/usr/lib/R/library" 
utils  "utils"  "/usr/lib/R/library" 
edd@brad:/tmp/libDemo$