我做什么：出版的.Net 3.5应用程序通过VS或MSBuild的（其他），现在我需要插入到已发布应用程序单独的目录（模块 - 不添加到参考该项目 - 我们的项目架构不允许这样做）。所以我将文件夹复制到发布位置，然后运行mageUI.exe选择应用程序清单，然后问题开始。当我按下填充按钮时，它也添加了隐藏目录？所以我删除目录后，我想保存清单文件我得到 “警告MSB3110：程序集'NAME.Shell.application.deploy'具有不匹配的身份'NAME.Shell.application'，预期的文件名：'名称。 Shell.application.application'”。的ClickOnce和mageUI添加自定义文件夹的问题
你是否也有同样的问题，根据http://smartclient.codeplex.com/Project/Download/FileDownload.aspx?DownloadId=5060它应该很容易为1-2-3，但事实并非如此。
在讽刺的一面，我目前正在更新为ClickOnce部署的SCSF文档.NET 4.0，现在我知道到底是什么问题吧。
首先，您想要发布到磁盘位置，而不是直接发布到网络服务器。这样做，然后将你想添加到部署中的dll添加到带有应用程序清单（.manifest）的版本文件夹中。重命名它们 - 只需在最后添加.deploy。
造就MageUI并打开应用程序文件夹中的清单，然后取消选中“添加指向.deploy到文件名”框中。点击“填充”。
然后从列表中删除部署清单;它被称为appname.application。您不希望它被包含在清单的文件列表中。
现在您可以保存并签署应用程序清单。然后在不退出mageUI的情况下，打开根文件夹中的部署清单（不是版本文件夹中的那个）。点击“Application Reference”，然后点击Select Manifest。向下挖掘您刚签署的版本文件夹中的应用程序清单并选择它。然后保存并签署部署清单。它会在其中放置一个相对路径，因此，如果修改版本文件夹中的.application文件，则在部署时它将无法正常工作。
现在从根文件夹。应用文件，并将其复制到文件夹版本（替换这是那里的一个），所以你有该版本的情况下，你需要在以后合适的副本。
现在将整个shebang复制到网络服务器。它应该工作。
我想你是说你需要添加一个东西到你的ClickOnce部署文件夹？你究竟添加了什么？你说模块 - 它们将被编译，还是其他东西？
如果你想将文件添加到您已经创建的部署，你需要使用MageUI编辑应用程序清单，这被称为像appname.exe.manifest。 （appname.application实际上被称为部署清单，这是令人困惑的，但是是真的。）添加文件之后，您还需要重新签署部署清单（假设您首先签署了它）。
它会更容易只添加你想要的东西包括到项目，并重新发布。根据它的内容，可以将构建操作设置为'content'（jpegs，html等）或'none'（dll's），然后将“copy to output directory”设置为true，并将其包含在您的部署中。
我不确定你到底包括了什么。给我更多的信息，我可以提供更具体的帮助。
RobinDotNet
谢谢！最后它按我的预期工作。现在我需要通过msbuild脚本来做到这一点:)让我们祈祷!!! :) – 2010-04-09 12:19:02
我知道如何用法师做到这一点，但没有与msbuild混为一谈。祝你好运！ :-) – RobinDotNet 2010-04-09 23:28:02
此链接也帮助了我： http://blogs.msdn.com/b/vsto/archive/2009/04/29/signing-and-re-signing-manifests-in-clickonce.aspx – Seva 2014-09-10 00:25:03