Grep统计文件B中文件A的发生

Question

我有两个文件，文件A可能在文件B中，我想为文件A中的每一行计数，文件B中出现多少次。例如：

文件：

GAGGACAGACTACTAAAGCC 
CTTGCCGCAGATTATCAGAG 
CCAGCTTGATGTGTCCTGTG 
TGATAGGCAGTGGAACACTG 

文件B：

NTCTTGAGGAAAGGACGAATCTGCGGAGGACAGACTACTAAAGCCGTTTGAGAGCTAGAACGAGCAAGTTAAGAGA 
TCTTGAGGAAAGGACGAAACTCCGGAGGACAGACTACTAAAGCCGTTTTAGAGCTAGAAAGCGCAAGTTAAACGAC 
NTCTTGAGGAAAGGACGAATCTGCGCTTGCCGCAGATTATCAGAGGTATGAGAGCTAGAACGAGCAAGTTAAGAGC 
TCTTGAGGAAAGGACGAAAGTGCGCTTGCCGCAGATTATCAGAGGTTTTAGAGCTAGAAAGAGCAAGTTAAAATAA 
GATCTAGTGGAAAGGACGATTCTCCGCTTGCCGCAGATTATCAGAGGTTGTAGAGCTAGAACTAGCAAGTGACAAG 
ATCTTGAGGAAAGGACGAATCTGCGCTTGCCGCAGATTATCAGAGGTTTGAGAGCTAGAACTAGCAAGTTAATAGA 
CGATCAAGTGGAAGGACGATTCTCCGTGATAGGCAGTGGAACACTGGATGTAGAGCTAGAAATAGCAAGTGAGCAG 
ATCTAGAGGAAAGGACGAATCTCCGTGATAGGCAGTGGAACACTGGTATGAGAGCTAGAACTAGCAAGTTAATAGA 
TCTTGAGGAAAGGACGAAACTCCGTGATAGGCAGTGGAACACTGGTTTTAGAGCTAGAAAGCGCAAGTTAAAAGAC 

并输出应为文件C：

2 GAGGACAGACTACTAAAGCC 
4 CTTGCCGCAGATTATCAGAG 
0 CCAGCTTGATGTGTCCTGTG 
3 TGATAGGCAGTGGAACACTG 

我想这样做使用grep，我已经尝试了一些-c，o，f的变体，但我似乎无法得到正确的输出。

我该如何做到这一点？

Answer 1

尝试此

for i in `cat a`; do echo "$i `grep $i -c b`"; done 

在这种情况下，如果发生了从文件中的行多次在文件B中的一行，则这将被算作一个发生。如果你想算这样的事件，但没有它的重复使用这个

for i in `cat a`; do printf $i; grep $i -o b | wc -l; done 

也许这变种会更快

cat b | grep "`cat a`" -o | sort | uniq -c 

Answer 2

#!/usr/bin/perl 
open A, "A";     # open file "A" to handle A 
open B, "B";     # open file "B" to handle B 
chomp(@keys = <A>);   # read keys to array, strip line-feeds 
@counts{@keys} = (0) x @keys; # initialize hash counts for keys 
while(<B>){     # iterate file handle B line by line 
    foreach $k (@keys){  # iterate keys array 
     if (/$k/) {   # if key matches line 
      $counts{$k}++;  # increase count for key by one 
     } 
    } 
} 
print "$counts{$_} $_\n" for (keys %counts); 

Answer 3

Linux命令比较文件：

comm FileA FileB 

comm产生三列输出。第一列包含FileA唯一的行，第二列包含FileB唯一的行，第三列包含两个文件共有的行。