我有一些子目录内/home/das/work/如何在单个根目录下为不同目录运行此脚本？

我创建了一个脚本

#!/bin/bash 
for i in *_K27me3.bed 
do 
intersectBed -wa -wb -a $i -b /home/das/work/mm9/mm9_prom_genes_2.5kb.bed | awk -v OFS='\t' {'print $1,$2,$3,$7,$8}' > `basename $i`_prom_genes_2.5kb.txt 
done

它在目录/home/das/work/

我正在使用下面的命令，但它无法工作。我想知道两种不同的方式来实现它，或者使用一个使用上述脚本作为函数的脚本，并在每次它在父级的子目录中运行它，或者如果我单独调用上述脚本，如下所示。

命令来运行脚本父目录/home/das/work

for f in *; do [ -d "$f" ] && cd "$f" && ./annotate_prom.sh;done;cd ..

假设上午在运行上述命令正在错误 -clustershell: ./annotate_prom.sh: No such file or directory

来源

2016-02-29 vchris_ngs

你得到了错误，因为该命令'CD ..'是'出周期for'的 – ClaudioM

交换done和cd并把..在脚本路径的开头：

for f in *;做[-d “$ F”] & &（CD “$ F” & & ../annotate_prom.sh）;完成

来源

2016-02-29 16:06:53

没有，如果我做了上面的错误'-clustershell：./annotate_prom.sh：没有这样的文件或目录'，然后它带我到根目录，它不会停留在甚至在运行它的父目录中。 –

@vchris_ngs：记下'../'。我还更新了CD。 –

啊是的，谢谢你，现在它的工作，我可能应该已经看到适当的更新。我正在自己尝试，因此完全注意到了它。在任何情况下，如果我想将上述内容放在一个函数中，我应该怎么做，而不是调用脚本，但是每当我进入父'annotate_prom.sh'的不同目录时，都不应该调用它作为函数是一个脚本，但是一个功能。 –

如何在单个根目录下为不同目录运行此脚本？

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