python;将字典与每个字典合并到输出csv文件的新列中

使用以下脚本，我将3个文件解析为python中的一个字典。字典没有全部类似的键，我希望每个字典的值在我的输出csv文件的新列中显示。因此，键必须全部位于一列中，后面是各包含不同字典值的列。我的脚本存在的问题是，如果它们存在，那么只会附加值，结果是不同字典的值位于输出csv文件的错误列中。我的脚本如下：python;将字典与每个字典合并到输出csv文件的新列中

def get_file_values(find_files, output_name): 
     for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()): 
      if all(x in files for x in find_files): 
       outputs = [] 
       for f in find_files: 
        d = {} 
        with open(os.path.join(root, f), 'r') as f1: 
         for line in f1: 
          ta = line.split() 
          d[ta[1]] = int(ta[0]) 
        outputs.append(d) 

       d3 = defaultdict(list) 
       for k, v in chain(*(d.items() for d in outputs)): 
        d3[k].append(v) 

       with open(os.path.join(root, output_name), 'w+', newline='') as fnew: 
        writer = csv.writer(fnew) 
        writer.writerow(["genome", "contig", "genes", "SCM", "plasmidgenes"]) 
        for k, v in d3.items(): 
         fnew.write(os.path.basename(root) + ',') 
         writer.writerow([k] + v) 
         print(d3) 

    get_file_values(['genes.faa.genespercontig.csv', 'hmmer.analyze.txt.results.txt', 'genes.fna.blast_dbplasmid.out'], 'output_contigs_SCMgenes.csv')

我现在输出的是：

genome contig genes SCM  plasmidgenes 
Linda  9  359  295 42 
Linda  42 1  2  
Linda  73 29  5 
Linda  43 17  6 
Linda  74 4  
Linda  48 11  
Linda  66 27

而且我想拥有它喜欢;

genome contig genes SCM  plasmidgenes 
Linda  9  359  295 42 
Linda  42 1  2  0 
Linda  73 0  29  5  
Linda  43 17  0  6  
Linda  74 0  0  4   
Linda  48 0  11  0  
Linda  66 27  0  0

来源

2017-04-19 Gravel

嘿。你有什么特殊原因需要使用字典吗？因为使用熊猫系列和数据框会更适合这项工作。 – Arthur

我从来没有使用过数据框，但对我来说使用它也很好。你可以给我一些重写熊猫脚本的帮助吗？输入文件与您所期望的完全相反：首先是键值（与空格分隔）。因此，我认为字典将是一个不错的选择。 – Gravel

当然我可以帮忙。但首先，我有一点点麻烦来想象你的输入。你能发布文件1内容只是为了帮助我吗？我猜是这样的：琳达基因组\ n 9重叠群\ n 359个基因的\ n 295 SCM \ n 42 plasmidgenes的\ n – Arthur

最简单的解决方法：检查值存在，如果它不添加它，否则0追加到您的数据阵列。

可能是一个更复杂的修复：使用不同的数据结构，如Pandas或类似于您的数据的二维数组。

实施例具有二维数组：

您将通过文件第一环路和填充d3[lineNumber][key]的D3阵列。例如d3[0]['genome']将成为您的第一排第一列。

那么你应该能够输出与以下块文件：

with open(os.path.join(root, output_name), 'w+', newline='') as fnew: 
    writer = csv.writer(fnew) 

    # write header row 
    header = "" 
    for k, v in d3[0].items(): 
     header += k + ',' 
    writer.writerow(header) 

    # write data rows 
    for key, row in d3.items(): 
     line = "" 
     line += os.path.basename(root) 
     for k, v in row.items(): 
      line += ',' + v 
     writer.writerow(line)

来源

2017-04-19 12:22:56 larsl

python;将字典与每个字典合并到输出csv文件的新列中

回答

相关问题