GGPLOT2ž削波：以重叠的堆叠移除不必要的点

考虑绘图100个重叠点的下面的例子：GGPLOT2ž削波：以重叠的堆叠移除不必要的点

ggplot(data.frame(x=rnorm(100), y=rnorm(100)), aes(x=x, y=y)) + 
    geom_point(size=100) + 
    xlim(-10, 10) + 
    ylim(-10, 10)

我现在要保存的图像作为矢量图形，例如在PDF中。这对上面的例子来说不是问题，但是一旦我获得了超过一百万个点（例如从火山图），文件大小可能超过100MB，并且需要很长的时间才能显示或编辑。

在上述例子中相同的形状可能仍然可以通过任一

转换点的形状的轮廓，或
表示保持几个百分点并丢弃其余部分。

是否有任何方法（或最好是已经做到这一点的工具）从一个永远不可见的情节中删除点？（理想地支持透明度）

到目前为止我听到的最好方法是圆点的位置并移除具有> N个点的网格点，然后使用剩余点的原始位置。有更好的吗？

请注意，这应该与一个任意结构的点，只有删除那些不可见。

来源

2016-02-26 Michael Schubert

你能使用geom_tile（）或geom_raster（）呢？它基本上是一个3D直方图，因此它将汇总每个单元格的数据，您可以使用“断点”参数尽可能小。如果这很有用，它还会显示每个单元格中有多少个点（即有多少点重叠），但是您可以手动将填充设置为黑色并使用不会更改的变量（或组成虚拟列如果它需要看起来像你的例子。 [链接]（http://docs.ggplot2.org/current/geom_tile.html） – RTB

不是。我想保持原样，但是对用户来说永远不会看到的点。 –

你可以做一些与凸包，这样，在构成了凸包的多边形填充：

library(ggplot2) 
set.seed(123) 

df <- data.frame(x = rnorm(100), y = rnorm(100)) 
idx <- chull(df) 
ggplot(df, aes(x = x, y = y)) + 
    geom_point(size = 100,color="darkgrey") + 
    geom_polygon(data=df[idx,],color="blue") + 
    geom_point(size = 1, color = "red", size = 2) + 
    xlim(-10, 10) + 
    ylim(-10, 10)

产生：

（请注意，我把这个想法来自哈德利的“扩展ggplot2”指南https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/vignettes/extending-ggplot2.html。）

在你的情况下，你会丢弃geom_point调用并在geom_polygon上设置透明度。也不知道chull有多快，对于数百万点来说，虽然它显然比绘制所有点要快。

我不确定你在做什么。如果你真的想要100个像素的半径，他们可能只是为了复杂的船体而做的，再加上geom_polygon。

因此，使用此代码：

ggplot(df[idx,], aes(x = x, y = y)) + 
    geom_point(size = 100, color = "black") + 
    geom_polygon(fill = "black") + 
    xlim(-10, 10) + 
    ylim(-10, 10)

，使这个：

来源

2016-02-26 18:16:01

我喜欢凸包的想法。问题在于，与'geom_point'结合，如果我在A-B-C行中有点，它可能会下降B，即使对于更远的距离B点将添加到A-B-C的轮廓。 –

您可以在后处理步骤中通过添加点来处理该问题。 –

但是，我会如何选择与添加？距离线？用移除的初始点计算另一个凸包？（这实际上可能工作得很好） –

GGPLOT2ž削波：以重叠的堆叠移除不必要的点

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