Grep突然停止

我试图用Python解析一个文件，使用grep，但它总是停在同一行，我启用了解为什么。我尝试三种不同的方式：Grep突然停止

process = os.popen("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}'") 
results = process.readlines() 
process.close()

然后

process = subprocess.Popen("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}'",stdout=PIPE, stderr=PIPE, shell=True) 
process.wait() 
process_result = process.communicate() 
results = filter(None, process_result[0].split("\n"))

，并通过一个临时文件

os.system("grep -A1 "+name+" "+new_hairpins+" | grep -oE '.{0,6}"+seq+".{0,6}' > tmp.txt") 
with open("tmp.txt","r") as f : 
    results = f.readlines()

但脚本总是在相同的线路出现故障。我手动直接在bash中尝试这一行，它工作....！

所以它可能是从grep的内存问题，我该如何解决这个问题？非常感谢！

来源

2014-10-01 spacup

你为什么要调用'grep'作为子进程？ Python完全有能力将文件中的行与正则表达式进行比较，而无需使用外部进程。 – geoffspear 2014-10-01 15:39:40

您是否考虑过使用python解析文件，而不是调用外部工具来为您完成这项工作？ – 2014-10-01 15:39:42

我这样做是因为使用2 grep比写代码行来做同样的事情更快。更重要的是，grep还不是最优的，所以我重做同样的东西？当然，如果没有解决我的问题，我将不得不在python ... – spacup 2014-10-02 07:05:45

我终于找到了问题：我的错！

我发现我在grep的使用，并且我只在代码没有用.close（）关闭之前生成的文件new_hairpins ....

由于它工作在1879年第一线，我不认为这个问题可能来自这个文件...

无论如何，感谢您的帮助家伙！

来源

2014-10-02 10:03:37 spacup

需要引用命令行参数，因为有一个在之间的空间：

"grep -A1 '"+name+" "+new_hairpins+"' | grep .... 
     ^      ^

否则，name，new_hairpins将被视为分离参数。

来源

2014-10-01 15:36:50 falsetru

new_hairpins是文件和名称是搜索的术语，所以我不认为引号是解决方案...此外，它是在1879年的第一条线上工作得非常好，并在1880年停止..... – spacup 2014-10-02 07:07:35

@spacup，你能用完整的追溯更新问题吗？ – falsetru 2014-10-02 07:08:26

我没有任何回溯...只是结果变量是空的。 – spacup 2014-10-02 07:36:45

Grep突然停止

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