ggplot2关于错误的警告，我不能使用`na.rm = T`禁用

Question

当您使用ggplot2绘图时，它会警告您是否自动删除错误。
我希望能够禁用该特定警告或将na.rm的默认设置设为真正的系统范围，但这不可能AFAIK。

我知道我可以通过为每个geom指定na.rm=T来禁用它。但是，当ggplot生成我没有明确指定的更多geom时，这会失败。在下面的例子中，我会使用我的原始数据获得每个图的三个警告（当我面向它时，有10个警告，所以你可以看到这在knitr报告中变得烦人）。 我可以用na.rm=T来抑制两个警告，但关于geom_segment的第三个警告我不能。顺便说一句，它也发生在mtcars中，所以我以此为例。

警告消息：含有缺失值（geom_segment） 删除23行。

ggplot(data=mtcars, aes(x = disp, y = wt)) + 
    geom_linerange(stat = "summary", fun.data = "median_hilow", colour = "#aec05d", na.rm=T) + 
    geom_pointrange(stat = "summary", fun.data = "mean_cl_boot", colour = "#6c92b2", na.rm=T) 

直到我想出解决办法，我可以使用warning=FALSE对违规块，但我真的不喜欢的是，由于它可能会抑制我关心的警告。我也可以在数据集上使用na.omit，但是要弄清楚我将在图中使用哪些变量，这有很多工作和语法。

Answer 1

我想避免这种情况的唯一方法不是使用stat_summary，而是自己计算汇总统计。对于你的例子来说这没有问题，但我承认这通常不是一个令人满意的解决方案。

# load dplyr package used to calculate summary 
require(dplyr) 
# calculate summary statistics 
df <- mtcars %>% group_by(disp) %>% do(mean_cl_boot(.$wt)) 
# use geom_point and geom_segment with na.rm=TRUE 
ggplot(data=mtcars, aes(x = disp, y = wt)) + 
    geom_linerange(stat = "summary", fun.data = "median_hilow", colour = "#aec05d") + 
    geom_point(data = df, aes(x = disp, y = y), colour = "#6c92b2") + 
    geom_segment(data = df, aes(x = disp, xend = disp, y = ymin, yend = ymax), colour = "#6c92b2", na.rm=TRUE) 

或者，您可以编写自己的mean_cl_boot版本。如果ymin或ymax是NA只是将它们设置为值y。

# your summary function 
my_mean_cl_boot <- function(x, ...){ 
    res <- mean_cl_boot(x, ...) 
    res[is.na(res$ymin), "ymin"] <- res[is.na(res$ymin), "y"] 
    res[is.na(res$ymax), "ymax"] <- res[is.na(res$ymax), "y"] 
    na.omit(res) 
} 
# plotting command 
ggplot(data=mtcars, aes(x = disp, y = wt)) + 
    geom_linerange(stat = "summary", fun.data = "median_hilow", colour = "#aec05d", na.rm=T) + 
    geom_pointrange(stat = "summary", fun.data = "my_mean_cl_boot", colour = "#6c92b2", na.rm=T)