从MongoDB回收可用空间3.2

背景：有1个成员和1个仲裁器的MongoDB副本集已建立。需要释放磁盘空间，因为MongoDB中的数据不再需要。使用db.collection.remove({})命令删除所有文档。后db.runCommand ({ compact: 'collection', force:true})，db.collection.reIndex()和db.repairDatabase()都跑了，db.stats()看起来像：从MongoDB回收可用空间3.2

> db.stats() 
{ 
    "db" : "database", 
    "collections" : 2, 
    "objects" : 6, 
    "avgObjSize" : 167.83333333333334, 
    "dataSize" : 1007, 
    "storageSize" : 153042944, 
    "numExtents" : 0, 
    "indexes" : 5, 
    "indexSize" : 45056, 
    "ok" : 1 
}

正如你所看到的，也有在DB与153MB的总存储大小仅有6文件（第二集合）。但是，如果我们看一下磁盘空间使用情况：

# du -h --max-depth=1 | grep mongodb 
9.8G ./mongodb

和MongoDB目录内：

ls -l 
total 9365696 
-rw-r----- 1 username usergroup  16384 Aug 19 14:19 collection-0-2472884588219438804.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 19 14:19 collection-0-4266045208498277842.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  12288 Aug 24 15:55 collection-0--7009505821458556818.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  49152 Aug 19 14:20 collection-0--7439052959034576211.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 19 14:20 collection-0-8676027872146699793.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 19 14:19 collection-2-2472884588219438804.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  32768 Aug 23 13:54 collection-2-2911328926458913167.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup 9589645312 Aug 24 15:55 collection-4-2472884588219438804.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 19 14:19 collection-7--7439052959034576211.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 19 14:19 collection-9--7439052959034576211.wt 
drwxr-x--- 2 username usergroup  4096 Aug 24 16:03 diagnostic.data 
-rw-r----- 1 username usergroup  4096 Aug 24 15:54 index-10-561247476684508201.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Jul 20 15:09 index-10--7439052959034576211.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 19 14:19 index-11--7439052959034576211.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  16384 Mar 4 09:20 index-1-2472884588219438804.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Jul 20 15:09 index-1-4266045208498277842.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 19 14:20 index-1--7439052959034576211.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  16384 Jul 5 13:25 index-1-8676027872146699793.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Jul 20 15:09 index-2-4266045208498277842.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  16384 Mar 4 09:20 index-3-2472884588219438804.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  16384 Aug 23 14:00 index-6-561247476684508201.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  16384 Aug 23 14:00 index-7-561247476684508201.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  4096 Aug 24 15:54 index-8-561247476684508201.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  16384 Aug 19 14:19 index-8--7439052959034576211.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup  4096 Aug 24 15:54 index-9-561247476684508201.wt 
drwxr-x--- 2 username usergroup  4096 Aug 24 15:55 journal 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 24 15:55 _mdb_catalog.wt 
-rwxr-x--- 1 username usergroup   6 Aug 19 14:19 mongod.lock 
-rw-r----- 1 username usergroup  36864 Aug 24 15:56 sizeStorer.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup   95 Dec 30 2015 storage.bson 
-rw-r----- 1 username usergroup   46 Dec 30 2015 WiredTiger 
-rw-r----- 1 username usergroup  534 Dec 30 2015 WiredTiger.basecfg 
-rw-r----- 1 username usergroup  4096 Aug 19 14:19 WiredTigerLAS.wt 
-rw-r----- 1 username usergroup   21 Dec 30 2015 WiredTiger.lock 
-rw-r----- 1 username usergroup  903 Aug 24 15:57 WiredTiger.turtle 
-rw-r----- 1 username usergroup  94208 Aug 24 15:57 WiredTiger.wt

此字符串觉得奇怪，我：

-rw-r----- 1 username usergroup 9589645312 Aug 24 15:55 collection-4-2472884588219438804.wt

问题：什么可以在mystery collection-4-2472884588219438804.wt文件中？为什么它不受compact，repairDatabase命令的影响？有没有办法强制MongoDB清空这个文件或以某种方式回收它的空间？

更新：在@ james-wahlin的帮助下，我们发现9.8Gb是Reploga Set Oplog的大小。但是我怎么能强制MongoDB释放空间，尽管其他副本集成员可能会丢失数据？

来源

2016-08-24 cleversokol

我的猜测是这是local.oplog.rs集合（https://docs.mongodb.com/manual/core/replica-set-oplog/）。查看“本地”数据库中的db统计信息以确认。 –

是的，你是绝对正确的！这是oplog.rs的文件：'> db.oplog.rs.stats（）{ “NS”： “local.oplog.rs”， “计数”：30036627， “大小”：7106989772， “avgObjSize” ：236， “storageSize”：9589645312， “封端”：真， “最大值”：-1， “MAXSIZE”：NumberLong（ “7050707456”）， “sleepCount”：0， “sleepMS”：0 ， “wiredTiger”：{ ...， “uri”：“statistics：table：collection-4-2472884588219438804”，' – cleversokol

@JamesWahlin，我可以以某种方式迫使MongoDB清理这个集合或清空它吗？我知道，没有成员需要同步，并且不再需要这些数据。如果需要，我总是可以选择与第二个成员节点上的空DB开始同步。 – cleversokol

基于您删除的所有文件和不再需要该数据的事实：

停止mongod的过程

从./mongodb目录手动

> use admin 
switched to db admin 
> db.shutdownServer() 
2016-08-24T08:50:29.085-0500 I NETWORK DBClientCursor::init call() failed server should be down... 
2016-08-24T08:50:29.096-0500 I NETWORK trying reconnect to 127.0.0.1:27017 (127.0.0.1) failed 
2016-08-24T08:50:30.103-0500 W NETWORK Failed to connect to 127.0.0.1:27017, reason: errno:10061 No connection could be made because the target machine actively refused it. 
2016-08-24T08:50:30.104-0500 I NETWORK reconnect 127.0.0.1:27017 (127.0.0.1) failed failed couldn't connect to server 127.0.0.1:27017 (127.0.0.1), connection attempt failed 
> 

# cd ./mongodb 
# rm -rf *

当你重新启动mongo时，它会根据需要初始化mongodb目录。

来源

2016-08-24 13:55:29 tawman

从MongoDB回收可用空间3.2

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