分发使用MPI

Question

不均匀的工作量我有一个数组

A(1:n_max) 

，我想，以评估一些F（A（j）段）与MPI散射。然而，f（A（1））的评估耗时0.35s，f（A（n_max））的评估耗时15s。我对如何解决它有不同的想法，但我不确定哪一个是最好的：

1. 一些主/从工作负荷分配。

   沿此线：http://www.hpc.cam.ac.uk/using-clusters/compiling-and-development/parallel-programming-mpi-example

2. 我重新排列A和重塑（移调（整形（A）），这将转

   阵列（[0，1，2，3，4， 5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29 ，30，31，32，33， 34,35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50， 51,52，53 ，54,55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65， 78，79，80，81，82，83，84， 85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，97，98]）

成

array([[ 0, 33, 66, 1, 34, 67, 2, 35, 68, 3, 36, 69, 4, 37, 70, 5, 38, 
     71, 6, 39, 72, 7, 40, 73, 8, 41, 74, 9, 42, 75, 10, 43, 76, 11, 
     44, 77, 12, 45, 78, 13, 46, 79, 14, 47, 80, 15, 48, 81, 16, 49, 82, 
     17, 50, 83, 18, 51, 84, 19, 52, 85, 20, 53, 86, 21, 54, 87, 22, 55, 
     88, 23, 56, 89, 24, 57, 90, 25, 58, 91, 26, 59, 92, 27, 60, 93, 28, 
     61, 94, 29, 62, 95, 30, 63, 96, 31, 64, 97, 32, 65, 98]]) 

然后我可以分发使用分散和聚集。问题是，一个进程将不得不运行f（A（0）），f（A（33））和f（A（66）），而另一个运行f（A（32）），f A（65））和f（A（98））。

不幸的是，运行时间在上升单调，但不是线性。

我希望一些自己的想法

的你有什么建议？

Answer 1

如果执行的顺序是重要的（例如高速缓存），你可以在不同大小的连续的组，但几乎相等的工作负载阵列分割，并将它们与MPI_SCATTERV分发。 如果数组末尾很重（在工作负载的情况下），也可以拆分数组并使用相同的方法两次。

如果执行的顺序并不重要，你必须重新排序并没有采取太多的时间，我宁愿你的第二个方法。

如果你总是这样一个数组，你应该想想第一个解决方案，但仅发送间隔的限制，而不是时间间隔内的所有数字。如果您在通信中使用带宽限制，这尤其有意义。