循环遍历R中的同一目录中的所有文件

Question

以下代码为R中的所有文件。实际上我为此做了一个for循环，但是当我运行它时，它只会应用于一个文件而不是所有文件。顺便说一句，我的文件没有标题。

Answer 1

您使用[[子集peaks。但是，在使用文件名读取它之后，它是一个数据框，然后不再引用文件名。因此，你只需要摆脱[[i]]。

for (i in filelist.coverages) { 
    peaks <- read.delim(i, sep='', header=F) 
    PeakSizes <- c(PeakSizes, peaks$V3 - peaks$V2) 
} 

通过使用迭代i内read.delim()其每次保存新文件名，每一个R会通过循环时间，peaks将有一个新的文件的内容。

Answer 2

在您的代码中，i正在引用名称文件。改用指数。

而且，顺便说一下，不要使用setwd，在list.files中使用full.names = TRUE选项。并预先分配PeakSizes这样的：PeakSizes <- numeric(length(filelist.coverages))。

所以做：

filelist.coverages <- list.files('K:/prostate_cancer_porto/H3K27me3_ChIPseq/', 
           pattern = 'island.bed', full.names = TRUE) 

##all 97 bed files 
PeakSizes <- numeric(length(filelist.coverages)) 
for (i in seq_along(filelist.coverages)) { 
    peaks <- read.delim(filelist.coverages[i], sep = '', header = FALSE) 
    PeakSizes[i] <- peaks$V3 - peaks$V2 
} 

或者你可以简单地使用sapply或purrr::map_dbl：

sapply(filelist.coverages, function(file) { 
    peaks <- read.delim(file, sep = '', header = FALSE) 
    peaks$V3 - peaks$V2 
})