与孤立节点

Question

创建的igraph我有一个类似的问题这一个：Reading adjacency lists with isolated nodes using igraph

我想绘制节点，其中一些没有关系。但由于某些原因在上面的线程中提到的解决方案是行不通的

我的数据

data <- data.frame(ID = c(143918,176206,210749,219170,247818,314764,321459,335945,339637,700689,712607,712946,735907,735907,735907,735907,735907,735907,735908,735908,735908,735908,735908,735908,735910,735911,735912,735913,746929,746929,747540,755003,767168,775558,776656,794173,794175,807493), relation = c(111098,210749,176206,NA,NA,NA,NA,NA,NA,807493,NA,NA,735908,735910,735911,735912,735913,767168,735907,735910,735911,735912,735913,767168,NA,NA,NA,NA,NA,100723,NA,NA,NA,776656,775558,NA,NA,700689)) 

这将导致一个阴谋也表明孤立节点：

v<-unique(data[,1]) 
e <- na.omit(data) 

g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T) 
plot(g) 

出于某种原因，我得到错误：“边缘列表中的一些顶点名称未列在顶点数据框中”。

我希望有人能告诉我我做错了什么，以及如何解决这个问题。谢谢

编辑： paqmo回答我的问题，谢谢！

但是我的任务需要不同的方法。在关系中但在第一行中缺失的ID是处于不同位置的人员。那些应该被忽略，同时保持每一个孤立的人从第一排。我现在的解决方案使用data.table：

v <- unique(c(data[,1])) 
v <- as.data.frame(v) 
e <- data 
setDT(v);setDT(e) 
setkey(v) 
setkey(e, relation) 
e <- e[v] 
e <- na.omit(e) 
g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T) 
plot(g) 

任何建议，以更好/更有效的解决方案将受到欢迎。

Answer 1

您需要定义基于你的对象data两个列的顶点列表。一些顶点是在第1列，一些列2.你缺少那些在列2

你可以用%in%检查：

> c(e[,1], e[,2]) %in% v 
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[19] TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE 
[37] FALSE TRUE TRUE TRUE 

正如你所看到的，也有e 2种元素不在v。因此，您会收到那么多的错误消息。

通过获取data中的两列的唯一值来创建顶点列表v，少了NAs。

data <- data.frame(ID = c(143918,176206,210749,219170, 
          247818,314764,321459,335945, 
          339637,700689,712607,712946, 
          735907,735907,735907,735907, 
          735907,735907,735908,735908, 
          735908,735908,735908,735908, 
          735910,735911,735912,735913, 
          746929,746929,747540,755003, 
          767168,775558,776656,794173, 
          794175,807493), 
        relation = c(111098,210749,176206, 
           NA,NA,NA,NA,NA,NA,807493, 
           NA,NA,735908,735910,735911, 
           735912,735913,767168,735907, 
           735910,735911,735912,735913, 
           767168,NA,NA,NA,NA,NA,100723, 
           NA,NA,NA,776656,775558,NA,NA,700689)) 

v <- unique(c(data[,1], data[,2])) #Define v from both columns in data 
v <- na.omit(v) 
e <- na.omit(data) 

g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T) 
plot(g) 

Answer 2

它看起来像你试图提供两次顶点名称，即一次为e第一列，然后再次作为参数，vertices = v。

也许就是你真正需要的只是

g <- graph.data.frame(e, directed = T) 
plot(g)