H-PoPG Haplotyper NullPointerException算法错误.HBOP2Builder

Question

您好，我正在构建基因组组装方法，并且我的管道的关键步骤是分阶段。我一直在寻找不同的方法，最近发现了H-PoPG，它看起来很有希望用于多倍体单体型分型。我试图在上面测试我的数据，但是我得到了以下结果，无法在网上找到任何帮助或论坛。

这是我使用的命令：

java -jar H-PoPG.jar -p 3 -w 0.9 -f fragment_matrix_Chrm1 -vcf PilonChrm1.vcf -o output_phased_Chrm1 

这是错误消息：

Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException 
at algorithms.HBOP2Builder.<init>(HBOP2Builder.java:59) 
at algorithms.HBOP2Builder.<init>(HBOP2Builder.java:25) 
at algorithms.HPBOP2Alg.buildHaplotype(HPBOP2Alg.java:24) 
at main.PolyPlotyping.Polyphasing(PolyPlotyping.java:224) 
at main.PolyPlotyping.go(PolyPlotyping.java:159) 
at main.PolyPlotyping.main(PolyPlotyping.java:280) 
srun: error: neumann: task 0: Exited with exit code 1 

任何人都可以通过解释我在哪里，这个错误可能来自点我在正确的方向？ 很多谢谢

Answer 1

我已经运行您的数据，发现没有vcf文件运行该命令是可以的。 使用vcf文件运行时会出现错误消息。 的VCF文件包含许多重叠，例如：

Chromosome_1_Reference 16  .  A  .  1486 LowCov DP=39;TD=43;BQ=38;MQ=57;QD=38;BC=39,0,0,0;QP=100,0,0,0;PC=119;IC=0;DC=0;XC=0;AC=0;AF=0.00  GT  0/0 
Chromosome_1_Reference 16  .  AAACCC A  .  Amb;LowCov  DP=56;TD=60;BQ=39;MQ=57;QD=25;BC=19,21,0,0;QP=48,52,0,0;PC=119;IC=0;DC=16;XC=1;AC=1;AF=0.29  GT  0/1 
Chromosome_1_Reference 17  .  A  C  1018 Amb;LowCov  DP=56;TD=60;BQ=39;MQ=57;QD=25;BC=19,21,0,0;QP=48,52,0,0;PC=119;IC=0;DC=16;XC=1;AC=1;AF=0.52  GT  0/1 

请检查VCF文件，并确保每个SNP位置仅由一条线， 覆盖，每行的最后一栏应为0/0/1或0/1/1，当多倍性是3（-p 3）时。