如何在Chapel中生成基因敲除载体？

我有一个矩阵，是的，A。在她的行上操作时，我经常需要创建“删除”向量。基本上如何在Chapel中生成基因敲除载体？

var v = [5, 4, 3, 2, 1]; 
v_{-2} = [5, 3, 2, 1]; // e.g. v[2] is removed

我并不想永久删除它，只是为了这个计算，我想这样做沿着A行。

var knockouts: [A.dim(1)] int; // list of knockout dims, as tall as A 
for i in A.dim(1) { 
    var w = ||v_{-knockouts[i]}||/||v|| 
}

== == UPDATE

更多A保持它一般。它非常大，并且（我的习惯）稀疏。预计淘汰的元素将位于填充的子域内，但在某些情况下可能不会。参赛作品往往是概率，如在stochastic matrix，所以一些常见的行操作是

r = A[i,..] 
s = r[3]/sum(r_{-3}) 
s = sum(r[3] log(r_{-3})) 
s = sum(log (r_{-3}))/sum (log (r_{-5}))

与所有的日志记录功能，它可能无法安全设置r[3] = 0。但是，如果这是解决方案，那么有一个方便的功能可以在封面下做到这一点还是很不错的。我不记得看到一个，但可能sum(r.except(3))或其他语法。

来源

2017-08-31 Brian Dolan

你能澄清一下你的意思吗？“只是为了这个计算”？你打算为每个淘汰赛创建临时阵列还是为每个淘汰赛修改“A”？ – bencray

如何使用类似于布尔覆盖掩码的想法（-ing - ） - {vector | array}，这有助于“隐藏”**'A' **中的那些暂时被淘汰的（区域 - ） - 值？ – user3666197

@bencray我只需要获得值，下次我看看我将需要整行的行。举例来说，比较有/没有第三项的规范。 –

我不知道有什么好的方法可以“就地”这样做，因此不会创建临时数组。

现在，这里是通过创建一个临时数组击倒指数的方法：

var v = [5, 4, 3, 2, 1]; 
writeln(exclude(v, 2));  // 5 3 2 1 
writeln(exclude(v, 3));  // 5 4 2 1 


/* Returns array with element at idx excluded */ 
proc exclude(A: [], idx) { 
    var v1 = A[..idx-1]; 
    v1.push_back(A[idx+1..]); // See NOTE 
    return v1; 
}

注：传阵列push_back()不礼拜堂1.15支持。它已被添加到 #7180。

来源

2017-09-01 23:19:10 bencray

如何在Chapel中生成基因敲除载体？

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