以预定义格式打印输出Perl

Question

我使用以下代码生成3D坐标（x，y，z）到文件。

for (my $x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) { 
    for (my $y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) { 
     for (my $z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) { 
      push @arr_grid, "$x $y $z\n"; 
     } 
    } 
} 
foreach (@arr_grid) { 
    say "HETATM 1 O HOH 1 $_ O"; 
} 

现在，我的问题是，我想用指数值像是一门精确的格式（PDB）输出，

1-6 7-11 13-16 18-20 23-26 31-38 39-46 47-54      77-78 
(Name) (S.No)      (x)  (y)  (z) 
HETATM 1 O HOH  1  -8.863 16.944 14.289      N 
HETATM 100 O HOH 16  -15.352 11.525 5.325      N 
HETATM 117 O HOH 16  -12.954 9.717 5.182      C 
HETATM 126 O HOH 17  -19.225 11.667 -0.391      C 
HETATM 1005 O HOH 97  9.246 23.287 11.503      O 

这里的X，Y，Z坐标shoulb是数据类型为real（8.2），其他人是正确的。 x，y，z值不是从程序生成的值。我放置了任意值。请帮帮我。与一些适当的变化

 push @arr_grid, "$x $y $z\n"; 

：

Answer 1

想必，你可以取代现有

 push @arr_grid, sprintf("%8.2f %8.2f %8.2f\n", $x, $y, $z); 

这使您可以在号码的格式控制。

Answer 2

您可以使用printf指定间距，对齐方式和有效数字。像这样的东西可能会奏效：

my @arr_grid; 
for (my $x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) { 
    for (my $y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) { 
     for (my $z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) { 
      push @arr_grid, [$x, $y, $z]; 
     } 
    } 
} 
foreach (@arr_grid) { 
    printf "HETATM%5d %2s%2s HOH  1 %8.3f%8.3f%8.3f\n", 1, 'O', '', @$_; 
} 

它可能会更有意义，虽然使用专为PDB格式，如Chemistry::File::PDB或Bio::Structure::IO::pdb

Answer 3

你想使用Perl的格式选项呈现输出数据的Perl模块，以预定义的方式。您可以阅读关于它here。

你的榜样，改写了一下：

for ($x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) { 
    for ($y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) { 
     for ($z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) { 
     write; 
     } 
    } 
} 

format STDOUT_TOP = 
1-6 7-11 13-16 18-20 23-26 31-38 39-46 47-54      77-78 
(Name) (S.No)      (x)  (y)  (z) 
. 

format STDOUT = 
HETATM 1 O HOH  1  @<<<<<< @<<<<<< @<<<<<<      N 
           $x  $y  $z 
. 

的FORMAT_TOP打印每$=（或$FORMAT_LINES_PER_PAGE），所以如果你想要它打印更很少或高得离谱的数字，如果你想它只是印刷重置这个变量一旦。

输出例如：

1-6 7-11 13-16 18-20 23-26 31-38 39-46 47-54      77-78 
(Name) (S.No)      (x)  (y)  (z) 
HETATM 1 O HOH  1  0  0  0       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  0  1.4       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  0  2.8       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  0  4.2       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  1.4  0       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  1.4  1.4       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  1.4  2.8       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  1.4  4.2       N 

我多救一个问题：当我打印的数字与小数点像

HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -8       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -6.6      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -5.2      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -3.8      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -2.4      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -1       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 0.4       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 1.8       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 3.2       N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 4.6       N 
HETATM 1 O HOH  1  0  -3.4 6       N 

在上面的专栏中，我需要打印的点十进制在同一个索引中。当我进行计算和更新值时，小数点正在改变。我需要一个像

HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -8.0      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -6.6      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -5.2      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -3.8      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -2.4      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4 -1.0      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  0.4      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  1.8      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  3.2      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  4.6      N 
HETATM 1 O HOH  1  -10  -3.4  6.0      N 

编辑1输出：
例到转储文件：

open(DUMPFILE,">output.txt"); 

for ($x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) { 
    for ($y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) { 
     for ($z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) { 
     write DUMPFILE; 
     } 
    } 
} 

close(DUMPFILE); 


format DUMPFILE_TOP = 
1-6 7-11 13-16 18-20 23-26 31-38 39-46 47-54      77-78 
(Name) (S.No)      (x)  (y)  (z) 
. 

format DUMPFILE = 
HETATM 1 O HOH  1  @<<<<<< @<<<<<< @<<<<<<      N 
           $x  $y  $z 
.