grep命令错误

2017-11-11 435 views -1 likes

-1

我已经使用grep命令来过滤列表中的文件。grep命令错误

grep -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv

但它给我一些额外的线条。就像我的列表中有2130个值，而file2中有2213个唯一行。这里是file1的前几行。

Variant   Gene    
    rs1042714  ADRB2     
    rs2297480  FDPS   
    rs12248560  CYP2C19

以下是List.txt的一些行。

rs228729 
rs228642 
rs228666 
rs2640909

我应该用什么来筛选基于列表文件的文件？

来源

2017-11-11 Sarah

的命令是正确的。结果意味着来自* list *的一些值在* file1 * – hek2mgl

中出现多次，并在某处添加list.txt和file1.tsv并添加链接到您的问题。 – Cyrus

没有值从file1中的列表多次出现，因为我删除了重复的值。 – Sarah

回答

的命令是正确的，要检查你的命令：

grep -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv

与-v执行相同的命令反转匹配：file2.tsv.invert的

grep -v -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv.invert

检查内容

测试使用的文件（所有结果都OK）：

grep -w -F -f list.txt file2.tsv.invert | wc -l 
> 0 # it's ok 

wc -l file2.tsv.invert file2.tsv # total must be equal to file1.tsv 
> 2544 file2.tsv.invert 
> 2997 file2.tsv 
> 5541 total 

wc -l file1.tsv 
> 5541 file1.tsv

似乎一切OK！

来源

2017-11-11 11:21:08 Indent

file2.tsv和file2.tsv的总行数超过file1.tsv的总数。删除重复项目后，我完成了总计。当我在excel上同时检查这两个文件时，有一些值存在于file2.tsv和file2.tsv.invert中 – Sarah

你有DOS文件吗？尝试dos2unix来转换它们，如果你需要。 – Indent

尝试上传文件 – Indent

grep命令错误

回答

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