bnlearn的并行化（使用并行程序包）

我使用R程序包bnlearn来估计贝叶斯网络结构。它具有使用parallel包的内置并行化。但是，这是行不通的。使用bnlearn的并行化（使用并行程序包）

的例子的手册页bnlearn::parallel integration：

library(parallel) 
library(bnlearn) 

cl = makeCluster(2) 

# check it works. 
clusterEvalQ(cl, runif(10)) # -> this works 

data(learning.test) 
res = gs(learning.test, cluster = cl)

在这里，我得到的错误"Error in check.cluster(cluster) : cluster is not a valid cluster object."

有谁知道如何得到这个工作？

来源

2015-02-09 Jonas

这是一个错误。请将其报告给软件包维护人员。

这里是check.cluster代码：

function (cluster) 
{ 
    if (is.null(cluster)) 
     return(TRUE) 
    if (any(class(cluster) %!in% supported.clusters)) 
     stop("cluster is not a valid cluster object.") 
    if (!requireNamespace("parallel")) 
     stop("this function requires the parallel package.") 
    if (!isClusterRunning(cluster)) 
     stop("the cluster is stopped.") 
}

现在，如果你看一下类的cl：

class(cl) 
#[1] "SOCKcluster" "cluster"

让我们重现检查：

bnlearn:::supported.clusters 
#[1] "MPIcluster" "PVMcluster" "SOCKcluster" 

`%!in%` <- function (x, table) { 
    match(x, table, nomatch = 0L) == 0L 
} 
any(class(cl) %!in% bnlearn:::supported.clusters) 
#[1] TRUE

cluster是不在supported.clusters。我相信，该函数只应检查群集是否具有受支持的类，而不是具有不受支持的类。

作为变通，你可以改变supported.clusters：

assignInNamespace("supported.clusters", 
        c("cluster", "MPIcluster", 
        "PVMcluster", "SOCKcluster"), 
        "bnlearn")

来源

2015-02-09 19:04:39 Roland

bnlearn的并行化（使用并行程序包）

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