如何生成boxplot

Question

我有一个数据，并从中，我想生成boxplot。我的文件保存在“的1.txt”的文件，好像这个

R S1G1 S1G2 S2G1 S2G2 
1 0.98 0.98 0.96 0.89 
2 0.89 0.89 0.98 0.88 
3 0.88 0.99 0.89 0.87 

我使用这个代码：

x<-read.table("1.txt", header=T) 

boxplot(R~S1G1, data=x, main = "Output result",las = 2, pch=16, cex = 1, 
     col = "lightblue", xlab = "R",ylab = "SNP values",ylim =c(-0.4,1.0), 
     border ="blue", boxwex = 0.3) 

谁能告诉我如何生成中的R箱图？

Answer 1

也许你想先重塑你的数据：

x1 <- reshape(x, idvar="R", varying=list(2:5), direction="long") 

而且比绘制它：

boxplot(S1G1 ~ R, data=x1, main = "Output result",las = 2, pch=16, cex = 1, 
    col = "lightblue", xlab = "R",ylab = "SNP values",ylim =c(-0.4,1.2), 
    border ="blue", boxwex = 0.3) 

Answer 2

您的意见是有点困难破译，但我猜测，也许你想为每列S1G1等箱线图。在这种情况下，我会融化你的数据：

xx <- read.table(textConnection("R S1G1 S1G2 S2G1 S2G2 
1 0.98 0.98 0.96 0.89 
2 0.89 0.89 0.98 0.88 
3 0.88 0.99 0.89 0.87"),header = TRUE, sep ="") 

xx1 <- melt(xx, id.vars = "R") 

，然后你可以使用任何流行的图形成语并排侧箱线图：

ggplot(xx1, aes(x = variable, y = value)) + 
    geom_boxplot() 

或者你可以使用基础图形或lattice（略图）：

boxplot(value~variable, data = xx1) 

bwplot(value~variable,data = xx1) 

Answer 3

看完这篇文章后，我发现我的解决方案是坚持data.frame（）中的表。使用 上面的例子：

Xtab <- data.frame(x) 
boxplot(Xtab$Freq ~ Xtab$Var1) 

Answer 4

如果传递的数据帧到boxplot()，它将自动创建各列的箱线图。因此，它可以很简单地使用

boxplot(x[,-1]) 

注意，-1是除去第一列，这是不是在想情节来完成。

的数据是

x <- read.table(textConnection("R S1G1 S1G2 S2G1 S2G2 
1 0.98 0.98 0.96 0.89 
2 0.89 0.89 0.98 0.88 
3 0.88 0.99 0.89 0.87"),header = TRUE, sep ="")