子data.frame为GGPLOT2条形图

，我有以下数据：子data.frame为GGPLOT2条形图

Splice.Pair proportion 
1   AA-AG 0.010909091 
2   AA-GC 0.003636364 
3   AA-TG 0.003636364 
4   AA-TT 0.007272727 
5   AC-AC 0.003636364 
6   AC-AG 0.003636364 
7   AC-GA 0.003636364 
8   AC-GG 0.003636364 
9   AC-TC 0.003636364 
10  AC-TG 0.003636364 
11  AC-TT 0.003636364 
12  AG-AA 0.010909091 
13  AG-AC 0.007272727 
14  AG-AG 0.003636364 
15  AG-AT 0.003636364 
16  AG-CC 0.003636364 
17  AG-CT 0.007272727 
...  ... ...

我希望得到一个条形图可视化的每个接头对的比例，但仅适用于具有一定比例以上，比如拼接对， 0.004。我试过如下：

nc.subset <- subset(nc.dat, proportion > 0.004) 
qplot(Splice.Pair, proportion, data=nc.dat.subset,geom="bar", xlab="Splice Pair", ylab="Proportion of total non-canonical splice sites") + coord_flip();

但这只是给了我一个条形图与Y轴的所有接头对，除了被滤出的拼接对遗漏的吧。 enter image description here

我不知道发生了什么事，让所有类别仍然存在：■

来源

2011-08-12 MattLBeck

发生了什么事是Splice.Pair是一个因素。当您对数据框进行子集化时，该因子将保留它的levels属性，该属性仍具有所有原始级别。您可以通过简单地包装一下你的子集在droplevels避免这样的问题：

nc.subset <- droplevels(subset(nc.dat, proportion > 0.004))

更一般地，如果你不喜欢这种用因素水平的自动保留，您可以设置R键存储字符串作为特征向量，而不是因素默认设置：

options(stringsAsFactors = FALSE)

在您的R对话的开始（这也可以作为一个选项data.frame传递以及）。

编辑

对于运行旧版本[R可能缺乏droplevels的问题，@rcs指出了一个意见，即对单个因素的方法是你自己很容易实现。数据帧的方法仅仅是稍微复杂一些：

function (x, except = NULL, ...) 
{ 
    ix <- vapply(x, is.factor, NA) 
    if (!is.null(except)) 
     ix[except] <- FALSE 
    x[ix] <- lapply(x[ix], factor) 
    x 
}

当然但是，最好的解决办法仍然是升级到R的最新版本

来源

2011-08-12 15:39:55 joran

感谢您的解释。但是，我似乎没有功能液滴... – MattLBeck

@kikumbob - 它是在一个（现在不是最近的）R更新，2.12.0我相信。我会检查你正在运行升级的版本。如果你不能，在'gdata'包中有一个类似的函数'drop.levels'。 – joran

+1正确的答案。但我个人认为改变'选项'是不明智的，因为这意味着你的代码变得不易转移给其他人。 – Andrie

检查Splice.Pair是否是一个因素。如果是这种情况，请使用droplevels()删除不再用于解决问题的级别。

nc.subset <- subset(nc.dat, proportion > 0.004) 
nc.subset$Splice.Pair <- droplevels(nc.subset$Splice.Pair) 
qplot(Splice.Pair, proportion, data=nc.dat.subset,geom="bar", xlab="Splice Pair", ylab="Proportion of total non-canonical splice sites") + coord_flip();

您可以纳入到droplevelsqlot，但是这是为你找到你:-)

来源

2011-08-12 15:43:25

子data.frame为GGPLOT2条形图

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