2017-02-13 60 views
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我有大文件给出下面的示例。我想分割它到多个文件,第一行文件的名称示例'FP3SLUG00012600.txt'拆分大文件,将第一行添加为文件名

我能够将它分成多个开始在“>”但无法命名第一行作为文件名。

 
>FP3SLUG00012600 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 
>FP3SLUG00012602 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 
>FP3SLUG00012603 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 
>FP3SLUG00012604 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 

在它的内容需要

文件1输出文件:

文件

FP3SLUG00012604.txt

 
>FP3SLUG00012604 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 

文件2:FP3SLUG00012603.txt

 
>FP3SLUG00012603 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 

回答

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你可以试试awk对于拆分一个multifasta文件

awk '/^>/{filename=substr($1,2) ".txt"}{print > filename}' file.fasta 

你得到的格式FASTA

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知府与序列几个文件。按我需要工作。感谢您的快速回复 – kapr0001

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@ kapr0001在此网站中,感谢解决您问题的人的最佳方式是接受他的回答作为解决您的问题的方法。 –