使用sapply的列表和矩阵

我有一个也许是基本的问题，我已经在网上搜索。我有一个阅读文件的问题。虽然，我设法读取我的文件，遵循@Konrad的建议，我很感激：如何让R从一个大目录下的多个子目录中读取文件？使用sapply的列表和矩阵

这是一个类似的问题，但是，我没有解决它。

我的问题：

我有一大批具有相同名称的不同文件夹中（“tempo.out”）的文件。这tempo.out有5列/标题。而且他们都具有1048行5列的格式相同：

ID XY时间温度

setwd("~/Documents/ewat") 
dat.files <- list.files(path="./ress", 
       recursive=T, 
       pattern="tempo.out" 
       ,full.names=T) 
readDatFile <- function(f) { 
dat.fl <- read.table(f) 
} 

data.filesf <- sapply(dat.files, readDatFile)       

# I might not have the right sintax in sub5: 
subs5 <- sapply(data.filesf,`[`,5) 
matr5 <- do.call(rbind, subs5) 

probs <- c(0.05,0.1,0.16,0.25,0.5,0.75,0.84,0.90,0.95,0.99) 
q <- rowQuantiles(matr5, probs=probs) 
print(q)

我想提取每个那些数以千计的文件中的第五列（临时），并计算这样的作为分位数。

我第一次尝试阅读“RESS”

后者没有给出错误，所有子文件的，但我的主要问题是“data.filesf”不是一个矩阵，但名单，居然第5列不我所期望的。然后如下：

matr5 <- do.call(rbind, subs5)

也没有给出所需的值/结果。

什么可能是最好的方式来获得列将成为一个巨大的矩阵？

来源

2017-08-25 Amber

锋线：我建议要么你'sapply（...，简化= FALSE）'或使用'lapply'，否则这是一个有点脆弱。例如，如果你传递一个2个文件名的向量，它应该返回一个*'list' *，在这种情况下，你可以用'data.filesf [[1]]'符号访问每个文件。然而，如果运气不好，你的文件名列表只有一个long，那么'sapply'（no simplification = FALSE）将返回一个单一的矩阵或data.frame，data.filesf [[1]]会显着没有做你期望的事情。 – r2evans

我已经把自己弄糊涂了......请给出一些样本输入（例如，重复两次的虚拟3x3数据框）和预期的输出。 – r2evans

尝试 lapply（data.filef，[ ,, 5）希望这将有助于

来源

2017-08-25 20:43:26 Onyambu

当只传递一个参数（如'DF [5]'）时，'data.frame'将返回另一个'data.frame'与该列。 –

@Nathan。对不起，我不太明白你的意思。 – Onyambu

请在对象后面添加逗号。尝试'lapply（列表（mtcars，mtcars），'['，，5）'。对象后面必须有一个逗号。你忘了放。谢谢 – Onyambu

考虑延长你定义的函数，readDatFile，提取第五纵队，温度，并直接分配到矩阵与sapply或vapply（因为你提前知道所需的结构 - 数字矩阵长度等于nrows或1048）。然后，运行需要rowQuantiles：

setwd("~/Documents/ewat") 

dat.files <- list.files(path="./ress", 
         recursive=T, 
         pattern="tempo.out", 
         full.names=T) 

readDatFile <- function(f) read.table(f)$temp # OR USE read.csv(f)[[5]] 

matr5 <- sapply(dat.files, readDatFile, USE.NAMES=FALSE)       
# matr5 <- vapply(dat.files, readDatFile, numeric(1048), USE.NAMES=FALSE) 

probs <- c(0.05,0.1,0.16,0.25,0.5,0.75,0.84,0.90,0.95,0.99) 
q <- rowQuantiles(matr5, probs=probs)

来源

2017-08-26 03:52:36 Parfait

非常感谢你对Parfait（以及所有）的解释和帮助。添加$ temp检索所需的值。 – Amber

太棒了！在StackOverflow上有一种特殊的方式来说[谢谢]（https://meta.stackexchange.com/a/5235）。 – Parfait

使用sapply的列表和矩阵

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