带有一个对数坐标轴的热图

Question

我有一个数据框，其中一个因变量（y）与自变量x1具有〜对数线性关系，而与自变量x2具有〜sigmoidal关系。

df<-data.frame(x1 = rep(c(0:10),11), 
      x2 = rep(c(0:10), each=11), 
      logx1 = log(rep(c(0:10),11)+1), 
      y = 0) 

for(i in 1:nrow(df)) df[i,4] = exp(df[i,2]) * (1/(1+exp(-df[i,1]))) 

我想用一个热图，以显示与X1对于变化和x2 y中的变化：

ggplot(df, aes(x=x1, y=x2, fill=y))+ 
theme_bw()+ 
scale_fill_distiller(palette = "Spectral")+ 
geom_tile(size=0.01) 

但很难看到关于X1 y的变化，所以我要绘制对数尺度X1：

ggplot(df, aes(x=logx1, y=x2, fill=y))+ 
theme_bw()+ 
scale_fill_distiller(palette = "Spectral")+ 
geom_tile(size=0.01)+ 

，但它导致了数据之间的较大的空间，而不是颜色的连续表面： gaps in heat map

我已经试过：

转换x1到一个因素，密谋：

df$x1<-factor(df$x1, levels = sort(unique(df$x1))) 

策划与插值栅格：

geom_raster(interpolate = TRUE 

改造轴本身：

scale_x_continuous(breaks = c(0,1,10)+1, limits = c(0,10)+1, trans = 'log') 

chan使用coord_equal（）和coord_fixed（）来绘制阴谋大小，

增加数据的分辨率（即，估计每0.001变化x1）

但我不能让空间走开！

我不一定卖的热图上，但我需要在y以显示变化相对于X1和X2两者，我需要做的是在ggplot

Answer 1

如果y ~ exp(x)在你的榜样，那么将y（不是x）放在日志范围内可能是更好的显示其关系的方法。例如。

ggplot(df, aes(x=x1, y=x2, fill=log(y))) + 
    theme_bw() + 
    scale_fill_distiller(palette = "Spectral") + 
    geom_tile(size=0.01) 

或者你可以显示在指数缩放X（注意，在你的榜样，它实际上是X2具有与为y的对数线性关系，X1 S形）。如果要在指数刻度上显示带x2的连续曲面热图，则需要指数刻度上等间距的x2的点。获得等分点的一种方法是pretty()函数。例如。

# generate new data with x2 equally space on exp scale 
newdat <- expand.grid(x1 = pretty(df$x1, 10), exp_x2 = pretty(exp(df$x2), 10)) 

# backtransform exp_x2 
newdat$x2 <- log(newdat$exp_x2) 

# generate y values (using raw x2 values, not exp_x2) 
newdat$y <- exp(newdat$x2) * (1/(1+exp(-newdat$x1))) 

# plot  
ggplot(newdat, aes(x=x1, y=exp_x2, fill=y)) + 
    theme_bw() + 
    scale_fill_distiller(palette = "Spectral") + 
    geom_tile(size=0.01)