NCBI基因数据库问题

Question

我试图找到基因名称和染色体位置的gene_info文件。但是，我似乎无法在NCBI FTP站点上找到它。任何人都可以给我一个指针？

Answer 1

请参阅：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README了解有关NCBI FTP站点上的文件的详细信息。

如果你想从NCBI本身的数据，您需要多个文件，可能是gene2accession（其中还包括位置信息）和映射ID来标记及名称等

它gene_info文件合并可能是更方便的去UCSC网站这一信息，他们还提供了一个公共MySQL数据库，如果你想探索什么是可用： http://workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql/mysqlclient.html

如果你只是想人，小鼠或大鼠的数据，则Rat Genome Database有已经编译了您想要的数据（来自NCBI和Ensembl资源的新鲜数据）： ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release

例如对于人体数据请看：ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release/GENES_HUMAN.txt