grDevices保存文件open

我正在研究使用rpy2将现有R包绑定到Web服务的概念验证。如果需要解决此问题，我确实有源代码包。我目前也在Windows上开发，但如果通过使用Linux来解决此问题，那很好，因为这是我的计划环境。grDevices保存文件open

对于我在这个POC中的第一点，我试图捕获由这个包创建的图表，并使用Flask将其提供给一个Web请求。完整的代码：

from flask import Flask, Response 
from rpy2.robjects.packages import importr 
import rpy2.robjects as ro 
from tempfile import TemporaryDirectory 
from os import path 

app = Flask(__name__) 

null = ro.r("NULL") 
numeric = ro.r("numeric") 
grdevices = importr("grDevices") 
efm = importr('euroformix') 

@app.route('/') 
def index():  
    table = efm.tableReader('stain.txt') 
    list = efm.sample_tableToList(table) 

    with TemporaryDirectory() as dir_name: 
     print("Working in {0}".format(dir_name)) 
     png_path = path.join(dir_name, "epg_mix.png") 
     print("png path {0}".format(png_path)) 
     grdevices.png(file=png_path, width=512, height=512) 
     # Do Data Science Stuff Here 
     grdevices.dev_off() 

     with open(png_path, 'rb') as f: 
      png = f.read() 
      return Response(png, "image/png") 

if __name__ == '__main__': 
    app.run(debug=True)

当打服务，我回来PermissionError: [WinError 32] The process cannot access the file because it is being used by another process: 'C:\\Users\\matt\\AppData\\Local\\Temp\\tmpgg65cagq\\epg_mix.png'

望着调用堆栈，当它发生TempDirectory()去清理。使用Flask调试器，png变量也是空的。

那么，如何让grDevices关闭文件？还是我需要以不同的方式去了解我的POC？

来源

2016-07-15 Matt Sieker

rpy2在Windows上不完全受支持，Linux（或OS X）上的工作可能不支持。既然你正在用Flask开发PoC，我鼓励你尝试使用Docker（在Windows上使用docker-machine）。你可以使用rpy2的docker镜像作为基础镜像。

但是，这里只是使用R函数png()和dev.off()所以它“应该”工作。

我有三点建议：

贵 “DO数据科学的东西” 块作任何[R情节？如果不是，这可以解释为什么你的Python对象png是空的。

如果，使用R的grid系统（例如，通过lattice或ggplot2）和你正在评估串为R代码最好是明确要求R键绘制的附图。例如：

p <- ggplot(mydata) + geom_point(aes(x=x, y=y)) 
print(p)

而不是

ggplot(mydata) + geom_point(aes(x=x, y=y))

尝试移动return Response(png, "image/png")上下文经理块之外TemporaryDirectory

来源

2016-07-16 12:52:11 lgautier

整个 “数据做科学的东西”块调用一个最终调用'plot（）'，'text（）'，'polygon（）'和ot的函数她的。在Windows上运行，我确实会弹出图形窗口。我正在努力让linux vm为此设置。这导致了Xvfb的游览。 –

不幸的是，我目前没有Windows版本来尝试这个。奇怪的是一个Windows弹出。否则，在Linux上，您不需要X11/xorg来绘制R PNG图形。如果没有独立的示例来尝试尝试复制问题，很难帮助更多人。 – lgautier

我现在正在linux下运行这个应用程序，它完美的工作。所以我想这只是Windows共享文件vs posix的行为。 –

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