R中子集化后的Miscalculation

我在计算子集数据时遇到了一个问题。不过，最初我从文件提取一些信息到另一个。然后，我尝试计算每个器官的患者人数。正确运行之前的命令现在给我一个错误。它不显示任何错误 - 只是错误地计算值。R中子集化后的Miscalculation

输入文件是在这个环节：https://www.dropbox.com/sh/8bo4b4dpmydj19w/AADZ7WuoecrjPwm_qyF8NRMza?dl=0

这是我的命令行。

Clinical_Samples_map = read.xls("b.xlsx") # calling my file 
Clinical_Samples_Original = read.xls("a.xlsx", sheet=1) # the file where I get additional information 

Clinical_Samples_map$AnatomicLocation = Clinical_Samples_Original[match(Clinical_Samples_map$SampleID, Clinical_Samples_Original$TubeName),"AnatomicLocation"] 

map<-Clinical_Samples_map # Just changing the name 

# Anatomic Location 

sub_map_AnatomicLocation <- map[!duplicated(map$patient_number), ] # Excluding the duplicate of patient by checking patient_number column 
sub_map_AnatomicLocation <- data.frame(sub_map_AnatomicLocation) 
sub_map_AnatomicLocation_patient <- subset(sub_map_AnatomicLocation, Disease != "Unknown" & AnatomicLocation != "Unknown") # Getting rid of "Unknown" value if there is any 


AnatomicLocation_patient <- count_(sub_map_AnatomicLocation , c("Disease","AnatomicLocation")) 

write.table(AnatomicLocation_patient, "AnatomicLocation_patient.txt",col.names = TRUE) 
write.table(Clinical_Samples_map, "Clinical_Samples_map2.txt",col.names = TRUE)

但是，当我比较两个写入的txt文件我有不同的数字。有谁知道为什么发生这种情况？举例来说，如果你看看CD回肠的IT显示3例但是当我看Clinical_Samples_map2.txt我可以算4

附加的东西，如果我尝试生成一些情节与ggplot：

ggplot(data=Clinical_Samples_map, aes(x=Disease, y=AgeAtSampling, fill=Disease)) + 
    geom_boxplot(notch = TRUE) + 
    ggtitle("Clinical_Samples_map_Disease") + 
    scale_y_continuous(name = "Age at Sampling", breaks = seq(0, 80, 20), limits=c(0, 80)) + 
    scale_x_discrete(name = "Disease") + 
    geom_jitter(colour = "black", size = 2, width = 0.15, height = 0.3) + 
    theme(legend.position = "bottom") + 
    labs(fill = "Disease") + 
    theme(axis.title=element_text(face="plain", size="30", color="black",family = "Gill Sans MT"), 
     axis.text.x = element_text(colour="grey20",size=20,angle=45,hjust=.5,vjust=.5,face="plain"), 
     axis.text.y = element_text(colour="grey20",size=20,angle=0,hjust=1,vjust=0,face="plain"), 
     legend.text=element_text(face="plain", size="30", color="black"), 
     legend.title=element_text(face="plain", size="30", color="black"))

我得到了一个错误：

Error: Discrete value supplied to continuous scale

我认为这就是问题所在。我可以克服这个来产生情节，但我不明白为什么它计算错误？

任何人都可以帮助解决这个问题吗？我挣扎了很长时间，还没搞清楚。

非常感谢。

Bahti

来源

2017-05-04 Lothlorian

对不起我的错误...下面是使用过的图书馆：图书馆（gdata）和图书馆（dplyr）... – Lothlorian

请更新您的文章'库'行，而不是在评论中，所有人都可以看到。 – Parfait

我想我想通了。由于我从来没有遇到过这个问题，我从来没有想过这个问题我只是需要改变成字符一些列

map[] <- lapply(map, as.character)

我用这个第一，为我所用

特定列

map_AnatomicLocation $ AgeAtSampling = as.numeric（水平（map_AnatomicLocation $ AgeAtSampling））[map_AnatomicLocation $ AgeAtSampling ]＃如果离散值有问题

然后它允许我绘图和计算。

来源

2017-05-04 17:37:03 Lothlorian

此解决方案解决了什么问题？你的计算错误还是'ggplot'错误？尽管鼓励您回答自己的问题，但请为未来的读者提供充分和一般的答案（几乎就像*过去*自我交谈）。 – Parfait

R中子集化后的Miscalculation

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