R/Sweave参数

Question

我正在使用R和Sweave生成报告。

[R CMD Sweave MyReport.Rnw

我希望能够发送参数到R代码，因为该报告，当然，“动态”。所以，我想能够做到这样的事情：

[R CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId = 5

...并使R代码读取变量中的PatientId值...

我该如何做？有人提到使用环境变量，但这似乎是一个非优雅的解决方案。

Answer 1

摆脱R指令行传递的参数，你可以使用函数commandArgs()，但不幸的是R CMD Sweave不支持额外的命令行选项。但是，您仍然可以拨打R -e，例如

R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1 

在MyReport.Rnw，你做commandArgs(TRUE)一些文字处理，这让你在这种情况下，一个字符串PatientId=1。

但我相信一个更好的做法是在R脚本中使用函数Sweave()直接;例如在这种情况下，您可以编写过程中的脚本像

PatientId <- 1 
Sweave("MyReport.Rnw") 

和MyReport.Rnw您直接使用全局变量PatientId。如果您想要生成一系列报告，您甚至可以使用PatientId的循环。

Answer 2

你需要“写”在那里可以“读”的价值：

• 环境变量，如前所述，与sys.getenv()

• 配置或数据文件，一个简单的方法，您可以读

• 数据的基础上存储

等PP回想一下，R代码里面真的是执行让你随时可以做两步：

rScriptOne.r     # write to foo.txt 
R CMD Sweave MyReport.Rnw  # reads from foo.txt