如何获得嵌套logit glmer模型（使用lme4）中每个系数的p值？

我运行下面的代码：如何获得嵌套logit glmer模型（使用lme4）中每个系数的p值？

library(lme4) 
library(nlme) 
nest.reg2 <- glmer(SS ~ (bd|cond), family = "binomial", 
    data = combined2) 
coef(nest.reg2) 
summary(nest.reg2)

将会产生以下的输出：

系数

$cond  
      bd (Intercept) 
LL -1.014698 1.286768 
no -3.053920 4.486349 
SS -5.300883 8.011879

总结

Generalized linear mixed model fit by maximum likelihood (Laplace 
    Approximation) [glmerMod] 
Family: binomial (logit) 
Formula: SS ~ (bd | cond) 
    Data: combined2 

    AIC  BIC logLik deviance df.resid 
    1419.7 1439.7 -705.8 1411.7  1084 

Scaled residuals: 
    Min  1Q Median  3Q  Max 
-8.0524 -0.8679 -0.4508 1.0735 2.2756 

Random effects: 
Groups Name  Variance Std.Dev. Corr 
cond (Intercept) 33.34 5.774   
     bd   13.54 3.680 -1.00 
Number of obs: 1088, groups: cond, 3 

Fixed effects: 
      Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) 
(Intercept) -0.3053  0.1312 -2.327  0.02 *

我的问题是我怎么测试每个此模型的系数的意义是什么？摘要函数似乎只提供了截距的p值，而不是系数。

当我尝试anova(nest.reg2)我什么也没得到，只是：

Analysis of Variance Table 
    Df Sum Sq Mean Sq F value

我试过这里建议（如何获得在lme4混合模型效果的p值（检查的意义）的解决方案？）无济于事。

为了澄清，所述cond变量是具有三个电平（SS，no，并LL）的一个因素，并且相信coef命令在每个这些级别的产生用于连续bd变系数，所以什么我试图做的是测试这些系数的重要性。

来源

2016-12-30 nc2609

看到了问题的答案在这里从包装的维护者：http://stats.stackexchange.com/questions/118416/getting-p-value-with-mixed-effect- with-lme4-package – adibender

谢谢！我已经尝试过每种“P”方法，并且无法获得每个系数的p值 - 只能用于截取。你知道任何其他包可以做到这一点吗？ – nc2609

该页面上的模型比较方法是不相关的（我不认为），因为我没有比较2个模型，car :: anova和lmerTest :: anova方法不会为我返回任何输出。 afex :: mixed给出以下错误：“UseMethod（”logLik“）中的错误：没有将'logLik'应用于类”NULL“的对象的适用方法” – nc2609

这里有几个问题。

的主要原因之一是，你真的可以只做显着性检验的固定效应系数;你已经编写了你的模型没有固定的影响。你可能的bd水平之间寻找

glmer(SS ~ bd + (1|cond), ...)

将整体（人口级）型号的区别，包括在cond水平之间的拦截变化。

如果你有每个cond组代表bd多层次，那么你就可以原则还允许在治疗效果变化cond群体中：

glmer(SS ~ bd + (bd|cond), ...)

但是，你有另一个问题。在实践中，三组（即cond的水平）实际上不足以估计组间变异性。这就是为什么你在输出中看到-1.00的相关性，这表明你有一个单一的适合（例如，有关更多讨论，请参见here）。
因此，另一种可能性是先走一步，把cond作为固定效应（调整上cond的对比，这样的bd主要作用是估计为各组的平均，而不是在cond基线水平的影响）。

glm(SS~bd*cond,contrasts=list(cond=contr.sum),...)

来源

2016-12-30 20:33:10

如何获得嵌套logit glmer模型（使用lme4）中每个系数的p值？

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