在Django框架

Question

好使用Java代码，所以我有一个简单的界面，我设计了Django框架是需要从表中的用户，并将其存储自然语言输入。

另外我有一个管道，我使用Java的cTAKES库做命名实体识别，即它需要提交用户输入的文本和相关UMLS标签标注它建立。

我想要做的是采取从用户给定的输入，然后一次，它的提出，直接到我的java-cTAKES管道再喂注释输出反馈到数据库中。

我非常新的这个网络发展方面，并不能真正找到在这个意义上集成脚本什么。所以，如果有人能指点我一个有用的资源，或者只是在一般正确的方向，这将是非常有益的。

========================= UPDATE：

好了，所以我也想通了，子进程是模块我想在这种情况下使用，我曾尝试实施基于对文档的一些简单的代码，但我得到的

Exception Type: OSError 
Exception Value: [Errno 2] No such file or directory 
Exception Location: /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py in _execute_child, line 1335. 

的什么，我试图做一个简要概述：

这是代码我有看法。它的目的是从模型表单获取文本输入，并将其发送到数据库，然后将该输入传递到我的脚本中，该脚本生成一个存储在数据库中另一列的XML文件。我很新的Django的，所以我很抱歉，如果这是一个简单的解决方法，但我找不到关于Django的给子过程，这是有帮助的任何文件。

def queries_create(request): 
    if not request.user.is_authenticated(): 
     return render(request, 'login_error.html') 


    form = QueryForm(request.POST or None) 
    if form.is_valid(): 
     instance = form.save(commit=False) 
     instance.save() 
     p=subprocess.Popen([request.POST['post'], './path/to/run_pipeline.sh']) 
     p.save() 

    context = { 

     "title":"Create", 
     "form": form, 

    } 
    return render(request, "query_form.html", context) 

型号代码片段：

class Query(models.Model): 
    problem/intervention = models.TextField() 

    updated = models.DateTimeField(auto_now=True, auto_now_add=False) 
    timestamp = models.DateTimeField(auto_now=False, auto_now_add=True) 

更新2： 好了，代码不再通过改变子代码如下

def queries_create(request): 
    if not request.user.is_authenticated(): 
     return render(request, 'login_error.html') 


    form = QueryForm(request.POST or None) 
    if form.is_valid(): 
     instance = form.save(commit=False) 
     instance.save() 
     p = subprocess.Popen(['path/to/run_pipeline.sh'], stdin=subprocess.PIPE,  
     stdout=subprocess.PIPE) 
     (stdoutdata, stderrdata) = p.communicate() 
     instance.processed_data = stdoutdata 
     instance.save() 

    context = { 

     "title":"Create", 
     "form": form, 

    } 
    return render(request, "query_form.html", context) 

但是打破，我现在越来越一个“无法找到或加载主类pipeline.CtakesPipeline”，我不明白，因为脚本在这个工作目录下运行良好。这是我想用子进程调用的脚本。

#!/bin/bash 

INPUT=$1 
OUTPUT=$2 
CTAKES_HOME="full/path/to/CtakesClinicalPipeline/apache-ctakes-3.2.2" 
UMLS_USER="####" 
UMLS_PASS="####" 
CLINICAL_PIPELINE_JAR="full/path/to/CtakesClinicalPipeline/target/ 
CtakesClinicalPipeline-0.0.1-SNAPSHOT.jar" 

[[ $CTAKES_HOME == "" ]] && CTAKES_HOME=/usr/local/apache-ctakes-3.2.2 

CTAKES_JARS="" 
for jar in $(find ${CTAKES_HOME}/lib -iname "*.jar" -type f) 
do 
    CTAKES_JARS+=$jar 
    CTAKES_JARS+=":" 
done 

current_dir=$PWD 
cd $CTAKES_HOME 

java -Dctakes.umlsuser=${UMLS_USER} -Dctakes.umlspw=${UMLS_PASS} -cp  
${CTAKES_HOME}/desc/:${CTAKES_HOME}/resources/:${CTAKES_JARS%?}: 
${current_dir}/${CLINICAL_PIPELINE_JAR} -  
-Dlog4j.configuration=file:${CTAKES_HOME}/config/log4j.xml -Xms512M -Xmx3g 
pipeline.CtakesPipeline $INPUT $OUTPUT 

cd $current_dir 

我不知道如何去解决这个错误，所以任何帮助表示赞赏。

Answer 1

如果我理解正确的话，你要管request.POST [“后”]到程序run_pipeline.sh的价值，并输出存储在您的实例的字段。

1. 您正在调用subprocess.Popen不正确。它应该是：

   p = subprocess.Popen(['/path/to/run_pipeline.sh'], stdin=subprocess.PIPE, stdout=subprocess.PIPE)

2. 然后通过在输入和读出的输出

   (stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()

3. 然后保存数据，例如在您的实例

   instance.processed_data = stdoutdata instance.save()

的领域，我建议你首先要确保拿到调用子在Python壳工作，然后在你的Django应用程序集成。

请注意，在请求中创建（可能是长期运行的）子进程是非常糟糕的做法，可能会导致很多问题。最佳做法是将长时间运行的任务委托给作业队列。对于Django，Celery可能是最常用的。虽然有一些设置涉及。