的Python：脚本进行多次的bash脚本

我有一个文件，叫做LIST.TXT，这是文件的名称的列表：的Python：脚本进行多次的bash脚本

input1.txt 
input2.txt 
input3.txt

我想建立一个python脚本，这将使一个文件每个这些文件名。更确切地说，我需要它来打印一些文本，合并文件的名称并将其保存到一个唯一的.sh文件中。我的脚本如下：

import os 
os.chdir("/Users/user/Desktop/Folder") 

with open('list2.txt','r') as f:  
    lines = f.read().split(' ') 

for l in lines: 
    print "#!/bin/bash\n#BSUB -J",l+".sh","\n#BSUB -o /scratch/DBC/user/"+l+".sh.out\n#BSUB -e /scratch/DBC/user/"+l+".sh.err\n#BSUB -n 1\n#BSUB -q normal\n#BSUB -P DBCDOBZAK\n#BSUB -W 168:00\n" 
    print "cd /scratch/DBC/user\n" 
    print 'grep "input"',l+" > result."+l+".txt" 

    with open('script{}.sh'.format(l), 'w') as output: 
     output.write(l)

我有几个问题：

输出文件只包含文件的名称 - 不是我所打印的内容。

需要明确的是我的输出文件（我应该有3个）应该是这样的：

#!/bin/bash 
#BSUB -J input3.sh 
#BSUB -o /scratch/DBC/user/input1.sh.out 
#BSUB -e /scratch/DBC/user/input3.sh.err 
#BSUB -n 1 
#BSUB -q normal 
#BSUB -P DBCDOBZAK 
#BSUB -W 168:00 

cd /scratch/DBC/user 
grep "input" input3 > result.input3.txt

我很新的Python所以我假设有可能是印刷简单得多的方式和插入我的文字。任何帮助将非常感激。

UPDATE 我现在已经做了下面的脚本，它几乎可以工作。

import os 
os.chdir("/Users/user/Desktop/Folder") 

with open('list.txt','r') as f: 
    lines = f.read().split('\n') 

for l in lines: 
    header = "#!/bin/bash \n#BSUB -J %s.sh \n#BSUB -o /scratch/DBC/user/%s.sh.out \n#BSUB -e /scratch/DBC/user/%s.sh.err \n#BSUB -n 1 \n#BSUB -q normal \n#BSUB -P DBCDOBZAK \n#BSUB -W 168:00\n"%(l,l,l) 
    script = "cd /scratch/DBC/user\n" 
    script2 = 'grep "input" %s > result.%s.txt\n'%(l,l) 
    all= "\n".join([header,script,script2]) 

    with open('script_{}.sh'.format(l), 'w') as output: 
     output.write(all)

这个问题我还有的是，这4个创建脚本，而不是3如我所料：script_input1.sh，script_input2.sh，script_input3.sh和script_sh。最后一个，script_sh只是打印了文本，但没有任何“输入”文本所在的位置。我认为这是因为我的list.txt文件在其末尾有一个“\ n”？但是，我看起来真的没有。有没有解决的办法？也许我可以使用某种长度函数？

来源

2017-10-11 m93

没有必要运行真的使用Python，会不会有一个Bash脚本呢？ –

不，我真的很想在这种情况下使用Python。我知道Bash可以做到这一点。 – m93

正确的解决方案可能是将变量作为参数传递给静态脚本，而不是写入大量带有变量的静态脚本。 – tripleee

所以，回答依次是：

1）你能详细介绍这个问题？如果您只有3个由您的代码生成的不同脚本，您可以统计4个txt文件？

2）当然，你需要创建一个变种，而不仅仅是用print语句 3）只需更改权限

所以，summurize，我会用这个办法：

import os 
for i, file in enumerate(os.listdir("/Users/user/Desktop/Folder")): 
    if "input" in file: 
    with open(file) as f: 
     lines = f.readlines() 

     for l in lines: 
      data = "" 
      data += "#!/bin/bash\n#BSUB -J",l+".sh","\n#BSUB -o /scratch/DBC/user/"+l+".sh.out\n#BSUB -e /scratch/DBC/user/"+l+".sh.err\n#BSUB -n 1\n#BSUB -q normal\n#BSUB -P DBCDOBZAK\n#BSUB -W 168:00\n" 
      data += "cd /scratch/DBC/user\n" 
      data += 'grep "input"'+l+" > result."+l+".txt" 

      with open('script%s.sh'%i, 'w') as output: 
       output.write(data) 
      os.chmod("script%s.sh'%i", 700)

顺便说一下，我的代码只是一个猜测。我想你应该更明确地说明你的问题。我不明白你想达到什么。

来源

2017-10-11 10:44:39 FrankBr

谢谢@FrankBr。要回答你的问题： 1）的确，我的list.txt文件只有3个文件（input1.txt，input2.txt和input3.txt）。但是，我目前的代码制作了4个文件：“scriptinput1.sh”，“scriptinput2.sh”，“scriptinput3.sh”和“script？.sh”。起初，我认为我的代码正在创建第4个文件，因为我在list.txt结尾处有一个换行符或空格。但是我删除了任何空格和换行符，所以我很困惑。 2）这是有意义的变种。你能解释一下在文件中输入“if”是什么吗？ – m93

由于您在一个文件夹上循环，请务必选择名称中包含“输入”的文件。但是如果你知道你的文件名，就放下那一行。我不明白这一点。 – FrankBr

谢谢。我会继续寻找，因为它仍然没有工作。问题1已解决，但我使用变量来存储文本不起作用。 Python告诉我你不能追加到元组变量。 – m93

另一种解决方案，而不是创建文件

script1.sh 
script2.sh 
script3.sh

等将是创建一个文件，文件script.sh

#!/bin/bash 
#BSUB -J "$1".sh 
#BSUB -o /scratch/DBC/user/"$1".sh.out 
#BSUB -e /scratch/DBC/user/"$1".sh.err 
#BSUB -n 1 
#BSUB -q normal 
#BSUB -P DBCDOBZAK 
#BSUB -W 168:00 

cd /scratch/DBC/user 
grep "input" "$1" > result."$1".txt

，并使用

script.sh input1 
script.sh input2 
script.sh input3

来源

2017-10-12 17:41:53

的Python：脚本进行多次的bash脚本

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