如何在php中运行命令行功能

Question

我在运行php程序时遇到了一些问题。每当我在命令行中运行程序时，都会创建正确的文件，并且完美地工作。但是，当我去，并把它放在我的PHP和使用exec（）函数，没有任何反应。

在我希望用户能够选择他想要的外部程序运行参数结束，但现在我只是想与....

这里硬编码值运行是我用来从命令行及其参数运行程序的命令。

[path1] -p blastp -d [parameter1] -i [path2] -e [parameter2] -m 9 -o [path3] 

where [path1] is the path to ../blast-2.2.26/bin/blastall, 
     [path2] is the path to sample.fasta 
     [path3] is the path for the output file (you may want to create another folder for generating the output) 
     [parameter1] is the name of database chosen by the user from your page (eg. Human.db, Viruses.db, etc) 
     [parameter2] is the E-value given by the user from your page(eg. 0.0001, 1, 1000, etc) 

实际的代码，我会键入到命令行是

~/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i ~/temp/sample.fasta -m 9 -o output' 

这里是我到目前为止的代码。

<form method="POST", action="/~cs4380sp15grp4/home/blast.php"> 

<select id="database" name="database"> 
    <option selected="selected" disabled="disabled">Database</option> 
    <option value="Archaea">Archaea</option> 
    <option value="Bacteria">Bacteria</option> 
</select> 

<select id="evalue" name="evalue"> 
<option selected="selected" disabled="disabled"> evalue <option> 
    <option value="0.0001">0.0001</option> 
    <option value="0.001">0.001</option> 
</select> 

<select id="hits" name="hits"> 
    <option selected="selected" disabled="disabled"> Hits</option> 
    <option value="50">50</option> 
</select> 

<input id="BlastSearch" type="text" name="BlastSearch" value='' /> 
<input type="submit" name="submit" value="submit" /> 
<button type="reset" value="Clear">Clear</button> 
</form> 
<?php 
    session_start(); 
    require_once '../secure/database.php'; 
    $mysqli = new mysqli($dbhost,$dbuser,$dbpass,$dbname); 

    if($mysqli->connect_error){ 
      exit('CON Error: ' . $mysqli->connect_errno . ' ' . $mysqli->connect_error); 
    } 

    //Insert the values into the database 

    if(isset($_POST['submit'])){ 


      $db = $_POST['database']; 
      $evalue = $_POST['evalue']; 
      $sequence = $_POST['BlastSearch']; 

      $mysqli->query("INSERT INTO `Job` (`uid`, `input`, `status`, `start_time`, `finish_time`) VALUES ('1', '" . $sequence . "', 'running' , NOW(), NULL)"); 

     $mysqli->query("INSERT INTO `BLAST`(`database`, `evalue`, 'job_id') VALUES ('" . $db . "','" . $evalue . "', `1`)") or die(mysqli_error($db)); 

      exec(' /students/groups/cs4380sp15grp4/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i /students/groups/cs4380sp15grp4/temp/sample.fasta -m 9 -o /students/groups/cs4380sp15grp4/temp/output'); 
    } 



// print "Connected! Host info: " . $mysqli->host_info . "<br>\n"; 
    $mysqli->close(); 

?> 

所以我的执行功能是不是在我的PHP页面工作，因为相同的命令在终端工作。

Answer 1

使用完整路径，即..：

exec(' /full/path/to/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i /full/path/to/temp/sample.fasta -m 9 -o output'); 
    } 

Answer 2

~是当前活动的用户的主文件夹。 PHP脚本由用户www-data执行，主文件夹为/var/www。

要解决此问题，请使用完整路径。例如：

exec(' /home/username/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i /home/username/temp/sample.fasta -m 9 -o output');