Python sqlalchemy：没有主键和重复值的表？

我正在使用由sqlalchemy第三方制作的现有数据库。然而，我遇到了麻烦，因为表没有主键，更糟的是，它们每行都有重复的元素，所以我不能选择现有的列作为主键。这些表格有两列：都具有非唯一值。Python sqlalchemy：没有主键和重复值的表？

我试图猴子补丁表按http://www.blog.pythonlibrary.org/2010/09/10/sqlalchemy-connecting-to-pre-existing-databases/但显然，这并不工作（见下文）

我当前的代码是（MirnaTable是我的映射类，基本上就没有别的骨架）

connection = create_engine("sqlite:///targets.sqlite") 
metadata = MetaData(bind=connection) 
db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("id", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True) 
mapper(MirnaTable, db_table) 
Session = sessionmaker(connection) 
session = Session()

然后我尝试例如发行

all_records = session.query(MirnaTable).all()

我也得到

sqlalchemy.exc.OperationalError: (OperationalError) no such column: miranda.id 
u'SELECT miranda.gene_id AS miranda_gene_id, miranda."mature_miRNA" AS 
"miranda_mature_miRNA", miranda.id AS miranda_id \nFROM miranda'()

所以当然没有找到id列。关于我在做什么的任何想法都是错误的？提前致谢。

编辑：按照要求，这里是从表为例（直接从源码检索）：

gene mature_miRNA 
---- ------------- 
80205 hsa-miR-200c 
80205 hsa-miR-200c 
9693 hsa-miR-200c 
9693 hsa-miR-200c 
9881 hsa-miR-200c 
9710 hsa-miR-200c 
9750 hsa-miR-200c

来源

2012-02-15 Einar

你能张贴表带有示例数据请？ – JackalopeZero 2012-02-15 10:30:32

完成：您现在可以期待什么样的数据样本。 – Einar 2012-02-15 10:39:19

如果没有可用作行标识的内容，ORM将无法正常工作。考虑直接使用表而不将其映射到类。 – 2012-02-15 10:50:49

您误解了您引用的帖子。您必须选择现有的列并将其定义为主要。也可以通过全部定义来设置复合主键。在你的情况下，我认为一个基因有几个成熟的microRNA，所以主键可能由(gene_id, mature_miRNA)对组成。由于表中没有更多字段，因此在autoload=True标志中没有必要。

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("gene_id", Integer, primary_key=True), 
       Column("mature_miRNA", Integer, primary_key=True))

我不知道表中字段的类型，所以如果它们不是整数，就适当地改变它们。

来源

2012-02-15 10:41:17

它的工作原理很棒。我相应地设置了类型，现在我得到了正确的结果（与使用sqlite3的标准查询进行比较）。 – Einar 2012-02-15 10:52:24

根据您在问题中更新的数据，这些配对也不是唯一的，因此它们不能作为主键。像简单查询这样的ORM的某些部分可以工作，其他一些部分可能因禁用重新加载而被欺骗。但不要指望一切都会奏效。 – 2012-02-15 10:59:28

我主要使用平等和IN（这是一个非常简单的用例），但我会做一些准确的测试以防万一。 – Einar 2012-02-15 12:52:49

确保ID列中存在先关闭，然后你曾经尝试都大写和小写。

也可以设置两个主键的表：

Column("id", Integer, primary_key=True), 
Column("secondColumn", Integer, primary_key=True)

然而，这可能会导致更新异常，如果任何其他行此行完全匹配。您可能最好重新创建表格并插入您自己的PK列

来源

2012-02-15 10:28:46 JackalopeZero

我可以做到这一点，但我会尽量避免这种情况，因为它来自第三方，这意味着将所有存在问题的数据库分叉开来。此外，两列（不包括我试图用猴子打补丁的那一列）都有重复的值（是的，一团糟，但我没有那么做......）。编辑：忘了说，“id”列不存在。我跟着在问题中链接的例子来猴子补丁表（但它没有工作）。 – Einar 2012-02-15 10:29:50

更改列ID到的rowid的SQLite数据库

原：

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("id", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True)

修改：

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("rowid", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True)

来源

2014-04-26 08:28:25

Python sqlalchemy：没有主键和重复值的表？

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