在第一列

Question

精确模式的grep行我有这样的脚本：

while read line; do grep $line my_annot | awk '{print $2}' ; done < foo.txt 

但它不会返回我想要的。

问题是，在foo.txt中，当我有例如Contig1时，脚本将返回文件my_annot的第2列，即使发现的模式是Contig12而非仅Contig1！

我在$模式结束时尝试了$，但问题在于它对应于行尾，而我搜索的这个表达式在列1中，因此不是行尾。

我该如何判断搜索此EXACT模式，而不是那些包含此模式的模式？

#######回答：

我的脚本是：

annot='/home/mu/myannot' 
awk 'NR == FNR { line[$0]; next } $1 in line { print $2 }' $1 $annot > out 

它可以让我放弃，我想找到的第一个参数表达的名单做./myscript.sh MYLIST

然后我将结果重定向到一个名为out的文件中。

谢谢你们！

Answer 1

你应该用awk做这件事：

awk 'NR == FNR { line[$0]; next } $1 in line { print $2 }' foo.txt my_annot 

这读取foo.txt每一行，在数组中设置一个关键line，然后打印第一列与数组中其中一个键完全匹配的任何行的第二列。

当然，我猜测您的数据格式与其他答案相同。

Answer 2

所以，你有一个像

Contig1   hugo 
Contig12  paul 

权的文件？

那么这将帮助：

awk '$1~/^Contig1$/ {print $2}' foo.txt 

Answer 3

我觉得这是你想要

while read line; do grep -w $line my_annot | awk '{print $2}' ; done < foo.txt 

什么，但它不是100％清晰（由于缺乏数据。例如）会否在所有情况下工作。