重定向输出作为命令行的输入？

Question

我想运行一个bash脚本中下面的代码：

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic < samtools view -b -u -q 1 $n_b \ 
| samtools pileup -f $r - < samtools view -b -u -q 1 $t_b \ 
| samtools pileup -f $r - output 

其中$ N_B和$ T_B的文件。

java躯体函数需要2个参数。所以

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r 

是参数之一和

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r 

是其他参数中。这两个参数本身都是可执行的。

所以我想是

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r - 

先执行然后

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r 

和输出成为躯体的输入。

Answer 1

解决我的问题是找到在：

https://gist.github.com/1022747

Answer 2

也许没有答案，因为我缺乏了解的问题：

我会用

（samtools查看-b -u -q 1 $ N_B | samtools堆积-f $ R - ; \ samtools view -b -u -q 1 $ t_b | samtools pileup -f $ r - ）\ | java -jar VarScan.v2.2.jar身体输出

Answer 3

[编辑]我想我现在理解你的问题，如果我错了，请纠正我。

我们从最简单的例子开始，它有与您的例子相同数量的不同命令行。想象一下，你有三个程序，'体细胞'，'samtools1'和'samtools2'。体细胞需要两个参数，而samtools1和samtools2则没有。

让我们进一步想象一下，当samtools1运行时，它会产生一个单词'output1'。同样，让我们​​想象一下，当samtools2运行时，它会产生一个单词'output2'。然后您将运行命令

somatic output1 output2 

作为命令行。

实现这一目标的方式是

somatic `samtools1` `samtools2` 

没有参与重定向。

还是在血淋淋的细节，使用你原来的例子，像

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic `samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r -` `samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r - output` 

虽然有可能是'之间有一些相互|这需要一些括号或引用。我实际上没有试图运行这个。

[旧的东西留给审计]

你的问题还不是完全清楚对我说：你是清楚的在你的心中是否要输出重定向或制订一个命令行？我怀疑你的意思是后者，因为你提到了两个参数，而且只有一个标准输入。

如果你想从一个命令的输出制定一个命令行参数，使用bash的语法是反引号“`”

例如，运行命令“mycommand的”期望一个日期作为其命令行实辨，你可以使用

mycommand `date` 

这将运行date命令，并且使用命令的输出为mycommand的第一个参数。