转换因子，以在数据帧

Question

整数i有以下代码

anna.table<-data.frame (anna1,anna2) 
write.table<-(anna.table, file="anna.file.txt",sep='\t', quote=FALSE) 

我到底表包含数字，如下面

chr   start end  score 
chr2  41237927 41238801 151 
chr1  36976262 36977889 226 
chr8  83023623 83025129 185 

等......

之后，我试图得到只适合一些标准，如分数低于特定值的值

，所以我做了以下

anna3<-"data/anna/anna.file.txt" 
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE) 
significant.anna<-subset(anna.total,score <=0.001) 

Error: In Ops.factor(score, 0.001) <= not meaningful for factors 

，所以我想这个问题是我的表有因素，而不是整数

我想，我的anna.total $得分是一个因素，我必须使它成为一个整数

如果我正确读取as.numeric可以解决我的问题

我读有关as.numeric功能，但我不明白我怎么可以使用它

因此你能否给我一些建议？

预先感谢您

问候 安娜

PS：我再次尝试以下

anna3<-"data/anna/anna.file.txt" 
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE) 
anna.total$score.new<-as.numeric (as.character(anna.total$score)) 
write.table(anna.total,file="peak.list.numeric.v3.txt",append = FALSE ,quote = FALSE,col.names =TRUE,row.names=FALSE, sep="\t") 

anna.peaks<-subset(anna.total,fdr.new <=0.001) 
Warning messages: 
1: In Ops.factor(score, 0.001) : <= not meaningful for factors 

我有同样的问题......

Answer 1

随着anna.table（这是一个数据框，顺便提一下，一张表是别的！），最简单的方法就是这样做：

anna.table2 <- data.matrix(anna.table) 

as data.matrix()将因子转换为它们的基础数值（整数）级别。这将适用于只包含数字，整数，因子或其他变量的数据帧，这些变量可以强制转换为数字，但是任何字符串（字符）都会导致矩阵变为字符矩阵。

如果你想anna.table2是一个数据帧，不作为矩阵，那么你可以做后续：

anna.table2 <- data.frame(anna.table2) 

其他选项强迫所有因素变量的整数水平。下面是一个例子：其中给出

## dummy data 
set.seed(1) 
dat <- data.frame(a = factor(sample(letters[1:3], 10, replace = TRUE)), 
        b = runif(10)) 

## sapply over `dat`, converting factor to numeric 
dat2 <- sapply(dat, function(x) if(is.factor(x)) { 
            as.numeric(x) 
           } else { 
            x 
           }) 
dat2 <- data.frame(dat2) ## convert to a data frame 

：

> str(dat) 
'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
$ a: Factor w/ 3 levels "a","b","c": 1 2 2 3 1 3 3 2 2 1 
$ b: num 0.206 0.177 0.687 0.384 0.77 ... 
> str(dat2) 
'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
$ a: num 1 2 2 3 1 3 3 2 2 1 
$ b: num 0.206 0.177 0.687 0.384 0.77 ... 

但是，请注意，如果你想底层的数字表示以上才有效。如果您的因素基本上具有数值级别，那么我们需要在将因子转换为数值的同时保留编码的“数字”信息时更清楚。这里有一个例子：

## dummy data 
set.seed(1) 
dat3 <- data.frame(a = factor(sample(1:3, 10, replace = TRUE), levels = 3:1), 
        b = runif(10)) 

## sapply over `dat3`, converting factor to numeric 
dat4 <- sapply(dat3, function(x) if(is.factor(x)) { 
            as.numeric(as.character(x)) 
           } else { 
            x 
           }) 
dat4 <- data.frame(dat4) ## convert to a data frame 

注意我们需要做的第一as.character(x)我们做as.numeric()之前。额外的调用在将其转换为数字之前对水平信息进行编码。为了说明为什么这事，注意什么dat3$a是

> dat3$a 
[1] 1 2 2 3 1 3 3 2 2 1 
Levels: 3 2 1 

如果我们仅仅将其转换成数字，我们得到了错误的数据为R转换的基本层次代码

> as.numeric(dat3$a) 
[1] 3 2 2 1 3 1 1 2 2 3 

如果我们强迫的因素我们保留原始信息而非R的内部表示

> as.numeric(as.character(dat3$a)) 
[1] 1 2 2 3 1 3 3 2 2 1 

如果您的数据与第二个示例类似，则第您不能使用简单的data.matrix()技巧，因为这与将as.numeric()直接应用于该因子相同，如第二个示例所示，该技巧不保留原始信息。

Answer 2

我知道这是一个老问题，但我只是有同样的问题，可能是它帮助：

在这种情况下，你的分数列好像它不应该成为一个因素列。当它是一个文本列时，通常发生在read.table之后。取决于你来自哪个国家，也许你将浮游物与“，”分开，而不是与“。”分开。然后R认为这是一个字符列，并使其成为一个因素。在这种情况下，加文斯的回答将不起作用，因为R不会使“123,456”达到123.456。您可以在文本编辑器中轻松修复该问题，将“，”替换为“。”。虽然。