2016-11-22 80 views
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我试图为bioconda构建一个新包(verifybamid)。我在docker,conda,bioconda-utils等设置的最小Linux VM上运行。 conda build verifybamid工程。当我尝试./simulate-travis.py --packages verifybamid --loglevel=debug事情起初工作正常,但最终我得到由test_package()调用No such file or directory: mulled-build。根据bioconda-utilsbioconda:没有这样的文件或目录仔细构建

各自构建包,现在可以在一个孤立的busybox容器 由于研磨过的构建和involucro测试。这会遇到一些问题,其中 配方未能在运行依赖关系中指定库(例如,libgcc)。

但是我需要安装哪个包才能工作?

感谢, 安德烈亚斯

回答

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您需要安装星系库。实际上,它应该与您的requiremets.txt文件一起作为bioconda-utils的依赖项。如果没有,请执行conda install galaxy-lib,您将获得仔细构建,以便使用Conda软件包创建非常高效的Docker容器。

干杯, 比约恩·

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这工作!凉!谢谢! BTW:galaxy-lib在当前bioconda commit的任何requirements.txt文件中都没有提到 – Andreas

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