我有一个我一直在研究的Rstudio项目。自从我上次更新Rstudio到1.0.143 - Mac OS X 10.6+（64位）后，项目无法启动。我认为它可能与启动时自动加载的软件包有关，并且出于任何原因尚未决定停止与R/Rstudio合作。 XLConnect ...如何停止在Rstudio启动时加载的包

我试过从目录中删除.RData，.Rhistory和.Rproj.user。只有删除.RData的工作和Rstudio启动没有问题。我似乎在目录，我的主目录或站点范围的文件中都没有任何.RProfile文件。

现在，我甚至不能因为它有一个错误

R encountered a fatal error. The session was terminated.

我可以打开其他Rstudio会话没有问题崩溃打开Rstudio会议。

当我打开一个单独的R对话（没有R工作室），并尝试

load('path/to/.RData')

我收到以下错误信息：

*抓到段错误* 地址为0x18，原因'memory not mapped'

Traceback： 1：dyn.load（file，DLLpath = DLLpath，...）

2：library.dynam（LIB，包，package.lib）

3：loadNamespace（j < - I [[1L]，C（lib.loc，.libPaths（）），versionCheck = VI [[J]]）

4：asNamespace（NS）

5：namespaceImportFrom（NS，loadNamespace（j < - I [[1L]，C（lib.loc，.libPaths（））， versionCheck = vI [[j]]），i [[2L]]，from = package）

6：loadNamespace（name）

7：doTryCatch（返程（表达式），名称，parentenv，处理程序）

8：tryCatchOne（表达式，名称，parentenv，处理程序[[1L]]）

9：tryCatchList（表达式，类parentenv，处理程序）

10：tryCatch（loadNamespace（名称），误差=函数（E）{警告（gettextf（“命名空间％s不是可用的，并已

替换\ NBY .GlobalEnv处理对象时％s“，sQuote（name）[1L]，sQuote（where）），domain = NA，调用。 => FALSE，立即。 = TRUE）.GlobalEnv}）

11：..getNamespace（C（ “openxlsx”， “4.0.17”）， “uwc.sel.book”）

12：负载（” ./收存箱/ OxfordTT2017/DNAextraction_26052017/ColWork2017/Fielddata_04052016 /。RDATA“）

可能的动作：

1：中止（带核心转储，如果已启用）

2：正常ř出口

3：不保存工作空间
出口ř
4 ：退出R保存工作区

所以我正在寻找一种方法来阻止Rstudio会话加载在启动包（我不知道为什么它首先做到这一点，因为我不记得设置任何类型的RProfile ..）。

来源

2017-07-18 user2465805

不能使用对象在.RData文件所以这是我做过什么来解决这个问题：下面

一切都在这containes的*.RProj文件的目录。

首先，我通过在终端中运行该命令来'隐藏'.RData文件。

mv .RData ./.RData_old

接下来，我在R对话（未Rstudio）跑了这一点：

remove.packages('XLConnect', 'XLConnectJars')

然后我关上了R对话，打开了Rstudio项目，以确保它会不RDATA文件打开罚款。

之后，我得到了我的RDATA文件重新

mv .RData_old ./.RData

最后，我再次打开该项目文件和急！

它抱怨未安装的包，但至少我知道需要哪些包。而且，我的数据和结果不会丢失。

来源

2017-07-20 17:55:02 user2465805

幸运的是，你知道在这种情况下哪些软件包可能出错。但是对于一般用途来说，需要一个空R的环境（无需添加包）。分享'.RData'文件并询问其他人的帮助或安装另一个R可能是一个好主意。 –

看来你在之前的RStudio渗入中创建了一些对象，并且他们需要某些包。当您关闭RStudio时，您的工作区被保存在.RData文件中。然后，如果再次启动该项目，RStudio将尝试返回上一个工作区，但这些对象需要某些包才能工作。所以你看到RStudio在启动时加载这些软件包。

例如，创建一个新的RStudio项目。

install.packages('phylobase') 
library(phylobase) 
mytree <- phylo4(x=matrix(data=c(4,1, 4,5, 5,2, 5,3, 0,4), ncol=2, byrow=TRUE), tip.label=c("speciesA", "speciesB", "speciesC"))

关闭该项目并重新打开它（确保保存工作区）。

R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle" 
... 
Type 'q()' to quit R. 

[Workspace loaded from W:/work/Git/bookdown-minimal/.RData] 

Loading required package: phylobase 
> search() 
[1] ".GlobalEnv"  "package:phylobase" "tools:rstudio"  "package:stats"  "package:graphics" 
[6] "package:grDevices" "package:utils"  "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"   
[11] "package:base"

mytree是一个S4类对象，你可以看到，phylobase被自动加载。你可以参考S4类的文档。

解决方案

您必须安装所需的软件包或放弃.RData文件。
您可以在启动时阻止RStudio从加载包中删除Tools→Global Options...取消选中Resotore .RData into workspace at startup。你仍然除非你做1

来源

2017-07-19 04:16:53

尽管对象需要包吗？ ....我会考虑使用你需要包的对象，但是你肯定不需要为没有问题的对象加载包。 – user2465805

我已经告诉你一个例子。您需要回想一下您使用过的软件包并安装了遗漏的软件包。或者你可以分享你的'.RData'文件，我找出你的。你可以把它发送给GitHub。 –

谢谢@ gitzhuoer。我不认为openxlsx是这个问题......我非常确定R与XLConnect的java位有关系（我已经搜索了这个问题并发现了其他有类似问题的人）。我将在下面添加我的解决方案。 – user2465805

如何停止在Rstudio启动时加载的包

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