Bash：如何从CSV文件的列中获取带“分隔符”的列？

我有几个CSV文件，我从一个在线数据库下载。我试图将它们删减，以便我可以将我需要的数据部分插入到我的SQL数据库中。Bash：如何从CSV文件的列中获取带“分隔符”的列？

的CSV文件逗号分隔的字段，看起来像这样：

1,Peptidoglycan synthetase ftsI,ftsI,1574687,L42023,P45059,FTSI_HAEIN,"",,,, 
3,Histidine decarboxylase,HDC,32109,X54297,P19113,DCHS_HUMAN,,HDC,HDC,HGNC:4855,00817 
5,"Glutaminase liver isoform, mitochondrial",GLS2,6650606,AF110330,Q9UI32,GLSL_HUMAN,,GLS2,GLS2,HGNC:29570,05901 
6,Coagulation factor XIII A chain,F13A1,182309,M22001,P00488,F13A_HUMAN,1FIE,F13A1,F13A1,HGNC:3531,00604 
7,"Nitric oxide synthase, inducible",NOS2,292242,L09210,P35228,NOS2_HUMAN,2NSI,NOS2A,NOS2A,HGNC:7873,01225

这里是问题。看看第3和第5行。这两行的第二列有逗号！我通常使用awk来完成这样的事情，并且因为那个逗号在那里有2美元会被搞乱。

因此，例如：

awk -F ',' '{print $2}' myfile.csv ## Obviously I will be printing a lot more stuff

如果做的目的是该部分如上所示，第三和第五线将被拧起来，因为这两条线的第二列具有在其中一个逗号用引号包围分数。

我能做些什么来解决这个问题？

编辑：我想仍然坚持在shell中如果可能的话。

来源

2013-03-27 Joe

你需要训练的时候分隔符出现在字段来处理CSV格式的工具（如逗号出现在某些字段中）。考虑Perl和[Text :: CSV]（http://search.cpan.org/perldoc?Text%3A%3ACSV），或者['csvfix']（http://code.google.com/p/csvfix /）。如果你喜欢Python或Ruby，可能有类似的模块。但是一般来说，从努力使像awk这样的工具用CSV工作来获得的灰色头发是不值得的。 – 2013-03-27 21:23:30

你应该使用CSV解析器像perl的Text::CSV（在一个班轮（所以仍然在壳）如果你想），它会做所有的魔法为您服务。

相反，如果你喜欢python，看到csv模块

在shell + python一个例子：

$ python<<EOF 
import csv 

f = open("test.csv", 'rt') 
try: 
    reader = csv.reader(f) 
    for row in reader: 
     print row 
finally: 
    f.close() 
EOF

来源

2013-03-27 21:23:10

我根本不使用Perl（使用Python和shell）。我不需要知道一些Perl来使用它吗？ – Joe 2013-03-27 21:28:06

为python添加了链接 – 2013-03-27 21:31:27

顺便提一下，这是相同的链接。 http://docs.python.org/2/library/csv.html我看到了，但我更喜欢坚持在shell中，如果我可以......你认为Text :: CSV会更好吗？ – Joe 2013-03-27 21:33:41

Bash：如何从CSV文件的列中获取带“分隔符”的列？

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