我不认为在经历了网络分析,所以我必须承认不明白的每一行代码如下所示。但它的作品!很多材料的改编从这里:https://cran.r-project.org/web/packages/spdep/vignettes/nb_igraph.html
这是最后的结果:
代码
# Load packages
library(raster) # loads shapefile
library(igraph) # build network
library(spdep) # builds network
library(RColorBrewer) # for plot colour palette
library(ggplot2) # plots results
# Load Data
powiaty <- shapefile("powiaty/powiaty")
首先在poly2nb
函数用于计算邻近地区:
# Find neighbouring areas
nb_q <- poly2nb(powiaty)
这就造成我们的空间网格,我们可以在这里看到:
# Plot original results
coords <- coordinates(powiaty)
plot(powiaty)
plot(nb_q, coords, col="grey", add = TRUE)
这是我不是100%肯定发生了什么位。基本上,它是工作了所有的shape文件之间的最短距离在网络中,并返回这些对的矩阵。
# Sparse matrix
nb_B <- nb2listw(nb_q, style="B", zero.policy=TRUE)
B <- as(nb_B, "symmetricMatrix")
# Calculate shortest distance
g1 <- graph.adjacency(B, mode="undirected")
dg1 <- diameter(g1)
sp_mat <- shortest.paths(g1)
已经进行的计算,现在可以将数据格式化进入绘图格式,所以最短路径矩阵合并与空间数据帧。
我不知道什么是最好的ID使用,用于参照的数据集,所以我选择了jpt_kod_je
变量。
# Name used to identify data
referenceCol <- powiaty$jpt_kod_je
# Rename spatial matrix
sp_mat2 <- as.data.frame(sp_mat)
sp_mat2$id <- rownames([email protected])
names(sp_mat2) <- paste0("Ref", referenceCol)
# Add distance to shapefile data
[email protected] <- cbind([email protected], sp_mat2)
[email protected]$id <- rownames([email protected])
数据现在以适当的格式显示。使用基本功能spplot
我们可以得到一个图形相当迅速:
displaylayer <- "Ref1261" # id for Krakow
# Plot the results as a basic spplot
spplot(powiaty, displaylayer)
我喜欢ggplot密谋更复杂的图表,你可以控制的造型更容易。然而,它是一个比较挑剔的数据如何给进,所以我们需要重新为它的数据,我们建立图前:
# Or if you want to do it in ggplot
filtered <- data.frame(id = sp_mat2[,ncol(sp_mat2)], dist = sp_mat2[[displaylayer]])
ggplot_powiaty$dist == 0
ggplot_powiaty <- powiaty %>% fortify()
ggplot_powiaty <- merge(x = ggplot_powiaty, y = filtered, by = "id")
names(ggplot_powiaty)
和剧情。我已经通过删除不需要的元素并添加了背景来定制了它。此外,为了使搜索区域位于中心黑色,我使用ggplot_powiaty[ggplot_powiaty$dist == 0, ]
对数据进行子集分类,然后将其作为另一个多边形进行绘制。
ggplot(ggplot_powiaty, aes(x = long, y = lat, group = group, fill = dist)) +
geom_polygon(colour = "black") +
geom_polygon(data =ggplot_powiaty[ggplot_powiaty$dist == 0, ],
fill = "grey60") +
labs(title = "Distance of Counties from Krakow", caption = "Mikey Harper") +
scale_fill_gradient2(low = "#d73027", mid = "#fee08b", high = "#1a9850", midpoint = 10) +
theme(
axis.line = element_blank(),
axis.text.x = element_blank(),
axis.text.y = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
axis.title.x = element_blank(),
axis.title.y = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
plot.background = element_rect(fill = "#f5f5f2", color = NA),
panel.background = element_rect(fill = "#f5f5f2", color = NA),
legend.background = element_rect(fill = "#f5f5f2", color = NA),
panel.border = element_blank())
要绘制的弗罗茨瓦夫如在文章顶部显示,只要改变displaylayer <- "Ref0264"
和更新的称号。
哇!那是超级工作!我会分析它,并希望了解! –