构建一个运行Perl脚本的Python脚本。如何重定向标准输出？

我正在编写使用一些Perl脚本的Python脚本，但其中一个使用stdout，所以我必须在bash中使用重定向>将此输出写入文件。构建一个运行Perl脚本的Python脚本。如何重定向标准输出？

所有输入和输出文件都是文本文件。

# -*- coding: utf-8 -*- 
import subprocess 

filename = input("What the name of the input? ") 

#STAGE 1---------------------------------------------------------------------- 
subprocess.Popen(["perl", "run_esearch.pl", filename , 'result']) 

#STAGE 2---------------------------------------------------------------------- 
subprocess.Popen(["perl", "shrink.pl", 'result']) 
'''Here the input from stage one is "shrunk" to smaller file, but 
the output is printed to the console. Is it possible to write this out 
to a file in Python, so I can use it in stage 3? ''' 

#STAGE 3---------------------------------------------------------------------- 
subprocess.Popen(["perl", "shrink2.pl", 'stdoutfromstage2'])

来源

2016-10-03 Mysterious Venom

是'中间文件shrink2.pl'能够直接从标准输入中读取，还是必须以文件名作为参数？（也就是说，你能从命令行运行'perl shrink.pl result | perl shrink2.pl'吗？） – chepner

必须从cmd行中获取参数 –

这里是你如何使用bash输出重定向到一个文件test.txt一个例子：

import subprocess 

#STAGE 2---------------------------------------------------------------------- 
subprocess.Popen(['bash', '-c', 'echo Hello > test.txt']) 

#STAGE 3---------------------------------------------------------------------- 
subprocess.Popen(['perl', '-nE', 'say $_', 'test.txt'])

来源

2016-10-03 18:52:03

我会处理在Python文件：

link = "stage2output" 
subprocess.call(["perl", "run_esearch.pl", filename, "result"]) 
with open(link, "w") as f: 
    subprocess.call(["perl", "shrink.pl", "result"], stdout=f) 
subprocess.call(["perl", "shrink2.pl", link])

上关 - 只要shrink2.pl可以从标准输入读取文件名-：

subprocess.call(["perl", "run_esearch.pl", filename, "result"]) 
p2 = subprocess.Popen(["perl", "shrink.pl", "result"], stdout=subprocess.PIPE) 
subprocess.call(["perl", "shrink2.pl", "-"], stdin=p2.stdin)

来源

2016-10-03 18:57:06 chepner

“/ dev/stdin”的文件名也可能工作（取决于在OS上以及是否shrink.pl'在其输入文件中搜索）。 – melpomene

确实如此，但“ - ”方法实际上仅依靠'shrink2.pl'使用内置的'open'函数来打开文件。不过，关于“寻求”的评论是一个很好的观点。 – chepner

'subprocess，call（）'优先于'subprocess.Popen（）'在这里很重要。仅仅是“打开一个过程往往是不够的;你也将负责等待，等等（这段代码也应该证明这一点），而更高层的'call'等封装程序在后台为你做这些事情。 – tripleee

据我所知，你有三个Perl程序

run_esearch.pl，这需要两个命令行参数：输入文件名和名称，如果输出文件
shrink.pl，它需要一个命令行参数：输入文件的名称。它将其输出写入stdout
shrink2.pl，它需要一个命令行参数：输入文件的名称。你不说，关于它的输出

标准，并编写Linux程序最灵活的方式事情是让他们从stdin读写stdout。这样，输入和输出文件可以使用<和>重定向在命令行上明确指定，或者可以使用相同的程序读取和写入管道|作为链的一部分。 Perl程序是两全其美的。使用空<>读取输入将收集作为命令行参数提到的文件的所有数据，或者如果没有参数将从stdin读

我有没有办法知道哪条路你收缩程序对待自己输入，所以我必须想象最坏的情况：他们明确地打开并读取命令行中第一个参数指定的文件

Python的subprocess模块提供了Popen构造函数以及几个便利功能。通常不需要使用构造函数，特别是如果您默认大多数参数并丢弃返回的对象，那么我建议您通过构造函数，因为您将Python视为非常高级的shell，所以我建议您通过shell命令字符串设置为subprocess.call，shell参数设置为True。这将允许您提供bash命令字符串，你会更熟悉地面等倍感控制

import subprocess 

filename = input("What's the name of the input? ") 

subprocess.call("perl run_esearch.pl %s result" % filename, shell=True) 

subprocess.call("perl shrink.pl result > shrink1_out", shell=True) 

subprocess.call("perl shrink2.pl shrink1_out", shell=True)

注意，此方法是太冒险了在生产代码中使用，作为应对What the name of the input?可能包含可能危害您的系统的恶意shell代码。但是如果使用你的程序的人如果选择的话就可以直接破坏你的系统，那么不会丢失任何东西

另一个问题是固定名称用于中间文件。无法保证独立的独立进程不会使用具有相同路径的文件，因此理论上这个过程是不安全的。我跟着你的领导，并使用result为run_esearch.pl输出，并发明shrink1_out为shrink.pl输出，而是一个适当的程序将使用tempfile模块，并调用tempfile.NamedTemporaryFile创建被保证是唯一的

来源

2016-10-04 00:19:42 Borodin

构建一个运行Perl脚本的Python脚本。如何重定向标准输出？

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