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可能重复:
How can I read command line parameters from an R script?从bash脚本运行带有参数的R档
我有A R脚本,我想为其能够提供几个命令行参数(而不是代码本身的硬编码参数值)。该脚本在Linux上运行。
我不知道如何在命令行Bash上读取R.script。
SH文件
cd `dirname $0`
/usr/lib64/R/bin/R --vanilla --slave "--args input='$1' input2='$2' output='$3'" file=/home/lvijfhuizen/galaxy_dist/tools/lisanne/partone.R $3.txt
R档
args <- commandArgs()
file <- read.csv(args[8],head=TRUE,sep="\t")
annfile <- read.csv(args[9],head=TRUE,sep="\t")
另请参阅http://stackoverflow.com/search?q=[r]+script+command+line+parameters这不是最好的搜索功能,但它有时会工作... – 2011-03-09 15:23:08