你不能简单地计算最小所有对阵列上它们之间的相邻后缀的LCP年代发现任何两个后缀的LCP。
我们可以用下面的帮助计算任何后缀的液晶聚合物(I,J) :
LCP(suffix i,suffix j)=LCP[RMQ(i + 1; j)]
也注意到(i<j)
为LCP (suff i,suff j)
可能不等于necessarly LCP (Suff j,suff i)
。 RMQ是范围最小查询量。
此paper的第3页。
Details:
步骤1: 首先计算邻道/连续后缀对的LCP。
n =字符串的长度。
suffixArray []是后缀数组。
void calculateadjacentsuffixes(int n)
{
for (int i=0; i<n; ++i) Rank[suffixArray[i]] = i;
Height[0] = 0;
for (int i=0, h=0; i<n; ++i)
{
if (Rank[i] > 0)
{
int j = suffixArray[Rank[i]-1];
while (i + h < n && j + h < n && str[i+h] == str[j+h])
{
h++;
}
Height[Rank[i]] = h;
if (h > 0) h--;
}
}
}
注意:高度[I](下标i-1,标i)即= LCP材料。高度数组包含相邻后缀的LCP。
步骤2:
计算使用RMQ概念任何两个标i,j的LCP。 RMQ预先计算功能:
void preprocesses(int N)
{
int i, j;
//initialize M for the intervals with length 1
for (i = 0; i < N; i++)
M[i][0] = i;
//compute values from smaller to bigger intervals
for (j = 1; 1 << j <= N; j++)
{
for (i = 0; i + (1 << j) - 1 < N; i++)
{
if (Height[M[i][j - 1]] < Height[M[i + (1 << (j - 1))][j - 1]])
{
M[i][j] = M[i][j - 1];
}
else
{
M[i][j] = M[i + (1 << (j - 1))][j - 1];
}
}
}
}
步骤3:计算任意两个标i之间LCP,J
int LCP(int i,int j)
{
/*Make sure we send i<j always */
/* By doing this ,it resolve following
suppose ,we send LCP(5,4) then it converts it to LCP(4,5)
*/
if(i>j)
swap(i,j);
/*conformation over*/
if(i==j)
{
return (Length_of_str-suffixArray[i]);
}
else
{
return Height[RMQ(i+1,j)];
//LCP(suffix i,suffix j)=LCPadj[RMQ(i + 1; j)]
//LCPadj=LCP of adjacent suffix =Height.
}
}
哪里RMQ函数是:
int RMQ(int i,int j)
{
int k=log((double)(j-i+1))/log((double)2);
int vv= j-(1<<k)+1 ;
if(Height[M[i][k]]<=Height[ M[vv][ k] ])
return M[i][k];
else
return M[ vv ][ k];
}
参见Topcoder tutorials为RMQ。
您可以通过我的blog查看C++的完整实现。
我只想确认我是否正确的问题是,对于任何后缀x和y的起始索引,lcp(x,y)= min {lcp(x,x + 1,)... lcp(y -1,y)}或者x和y也应该像x'和y',其中x'是后缀x的排序位置,y'是siffix的排序位置,即lcp(x',y')= min (LCP(X”,X '+ 1)... LCP(Y'-1,Y')}? – 2013-04-21 06:12:30