2017-08-16 188 views
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我正在运行Ubuntu 16.04 [现在17.04:请参阅下面以粗体显示]和R 3.4.1。今天早上我安装了后者,所以我认为这是最新版本。我想安装Tidyverse,我在Windows下花了很多快乐时光。但是当我做install.packages("tidyverse")时,我收到有关无法识别的gcc命令行选项的错误。这些在安装命中colorspace和munsell软件包时开始。我会在这篇文章的末尾展示一个例子,仅供参考。如何在Ubuntu 16.04和17.04上安装Tidyverse

我还没有发现任何人在Ubuntu 16.04上遇到过这个问题。但是,来自具有类似问题的人的帖子表明,我的gcc可能是一个太旧的版本,无法识别选项-fstack-protector-strong和-Wdate-time。我已经想到了

可能的变通:

1),希望这些人有一个合适的GCC更新的Ubuntu 16.10至17.04或。但是,我在这里遇到了缺乏Ubuntu专业知识的情况:尤其是,我必须升级两次,一次升至16.10,然后再升至17.04。我甚至无法将系统升级到16.10:在https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes“从Ubuntu 16.04 LTS升级”中推荐的步骤,在尝试升级时找不到升级。另外,我不确定这两个Ubuntus是否都有合适的gcc。

在第二天添加:虽然我试图通过以下https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes升级Ubuntu,但是他们昨天没有做任何事情,他们今天确实工作。也许是缓存问题?所以我现在有Ubuntu 17.04。但是,在尝试安装Tidyverse时,我仍然遇到同样的错误。

2)找到不需要那些编译器选项的旧版Tidyverse。

3)升级我的Ubuntu的gcc。但我不知道是否会在我的机器上烧毁其他软件,而这些软件需要较旧的gcc。

4)为Tidyverse安装一个新的gcc,并以某种方式使用路径欺骗安装程序调用它,也许通过遵循https://askubuntu.com/questions/466651/how-do-i-use-the-latest-gcc-on-ubuntu中的建议。但这听起来很危险。

5)废弃Ubuntu,并做所有我的工作在Windows上。我知道人们嘲笑“Micro $ oft”,但至少在Windows中,我不会浪费一个早上的Linux arcana,并且可以完成我的工作,这就是R.这种感觉太像太神奇了,他们的咒语在https://people.dsv.su.se/~jpalme/s1/hoare.pdf ,“软件设计:一个寓言”。只是说...

任何人谁已经实际上已经与这些版本的R和Ubuntu做到这一点的建议?

这里有一个安装失败:

 
`> install.packages("munsell") 
Installing package into ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
also installing the dependency ‘colorspace’ 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/colorspace_1.3-2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 293433 bytes (286 KB) 
================================================== 
downloaded 286 KB 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/munsell_0.4.3.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 97244 bytes (94 KB) 
================================================== 
downloaded 94 KB 

* installing *source* package ‘colorspace’ ... 
** package ‘colorspace’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c colorspace.c -o colorspace.o 
gcc: error: unrecognized command line option '-fstack-protector-strong' 
gcc: error: unrecognized command line option '-Wdate-time' 
/usr/lib/R/etc/Makeconf:159: recipe for target 'colorspace.o' failed 
make: *** [colorspace.o] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘colorspace’ 
* removing ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/colorspace’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘colorspace’ had non-zero exit status 
ERROR: dependency ‘colorspace’ is not available for package ‘munsell’ 
* removing ‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/munsell’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘munsell’ had non-zero exit status 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpQ8FW70/downloaded_packages’ 
Warning message: 
R graphics engine version 12 is not supported by this version of RStudio. The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed. 

回答

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在某些情况下,我发现我需要安装Ubuntu的软件包。要安装tidyverse我添加命令和apt-get安装R-CRAN卷曲上r-cran-OpenSSL的R-CRAN-XML2

安装这些我可以安装tidyverse后。

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我相信有一个类似的问题,试图安装tidyverse软件包。 对于Linux来说是一个相当新的东西,对于R来说是一个完整的新手,我遵循了CRAN Project's homepage上的Ubuntu安装入门。当我安装R,I故意跳过安装的r基-dev软件包的,因为它表示,它的目的是为“包维护者”。我真的不看后期或了解编译软件包自己的必要性。

无论如何,安装r-base-dev包,并允许我安装Tidyverse包没有问题。完成它的工作的完整步骤应该如下所示。在终端执行以下步骤(1-3步可能会或可能不会是必要的,但我已经添加了他们以防万一):

  1. /etc/apt/sources.list文件添加deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu artful/,您最喜爱的实际URL替换CRAN镜子。请参阅https://cran.r-project.org/mirrors.html以获取CRAN镜像列表。
  2. 添加存储库密钥到系统:

    sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9 
    

    的另一种方法可以通过检索与

    gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9 
    

    ,然后将键它与

    gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add - 
    
    馈送到易于密钥被用于
  3. 要安装完整的R系统,请使用

    sudo apt-get update 
    sudo apt-get install r-base 
    
  4. 然后是一步,我错过了,那证明关键是能够编译Tidyverse包内包,即安装r-base-dev包:

    sudo apt-get install r-base-dev 
    
  5. 然后在RStudio执行包安装命令:

    install.packages(tidyverse) 
    

希望这也会对你有用。有关安装过程的更多信息,请阅读CRAN项目主页上的安装指南。