R：roxygen2，导入的包不会出现在命名空间

我有一个文件：import_packages.r在我的项目，包含以下内容：R：roxygen2，导入的包不会出现在命名空间

#' @import reshape2 
#' @import ggplot2 
#' @import DESeq2 
#' @import geneplotter 
#' @import survcomp 
#' @import gplots 
#' @import pheatmap 
#' @import RColorBrewer

当我做这些devtools:document()包没有在空间文件，它们显示事实上并未导入。我做错了什么？

来源

2016-03-02 Tonja

有时它有助于删除'NAMESPACE'文件，强制重新创建文件。 – drmariod

@drmariod没有帮助。包仍然不出现在NAMESPACE – Tonja

如果您的文件只包含您提供的行，它将被roxygen2忽略。您应该在包含NULL的roxygen代码之后添加一行。所以下面应该工作：

#' @import reshape2 ggplot2 DESeq2 geneplotter 
#' @import survcomp gplots pheatmap RColorBrewer 
NULL

我还减少了线的数量向您展示，如何将几个包可以用一个使用@import进口。但是，对于roxygen而言，分发软件包的行数并不重要。

我认为这样做的原因是roxygen部分必须与某个R对象关联。例如，函数的文档与相应的函数对象相关联。由于您不想将导入与某个函数关联，因此您可以将它们与NULL关联，该对象也是一个R对象。

正如hadley正确地指出，不建议完全导入那么多的软件包，因为你最终可能会遇到名称冲突。下面的两个备选方案通常是更好：

他们明确包名参考功能和::操作：reshape2::melt()这有额外的好处，您可以立即看到，从哪个软件包的功能来。
仅导入您使用@importFrom包所需要的功能：
```
#' @importFrom reshape2 melt cast 
```

你可以找到更多信息here。

来源

2016-03-02 16:02:57 Stibu

也值得注意的是，不推荐完全导入很多包。 – hadley

@hadley感谢您的参与。稍后我会补充几句关于更好的做法。 – Stibu

R：roxygen2，导入的包不会出现在命名空间

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