无法执行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：没有这样的文件或目录（pysam安装）

我试图安装pysam。无法执行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：没有这样的文件或目录（pysam安装）

excecuting后：产生

python path/to/pysam-master/setup.py build

此错误：

unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory 
error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1

也有类似的主题，但他们似乎都解决assumig administriator权利，我没有问题。有没有办法来安装所需的文件？

免责声明：这个问题来自我以前的职位。 manually installing pysam error: "ImportError: No module named version" 但是因为它可能需要不同的方法，所以我把它作为一个问题。

来源

2017-09-27 Sergio.pv

这已经开始出现几天以前，似乎仍然是一个问题。 – NirIzr

有同样的问题。做'conda更新anaconda'解决了这个问题。有效地它需要升级到版本'3.6.2-hdfe5801_15'和Anaconda到'5.0.0.1-py36hfb0b618_1 ' – adonese

看起来Anaconda有一个新版本（4.3.27），它将C编译器路径设置为不存在的可执行文件（这是一个令人尴尬的错误;我相信他们很快就会修复它）。我使用最新的Miniconda进行pip安装也有类似的问题，我使用4.3.21版本修复了这个问题，并确保我没有像conda update conda那样做。

查看https://repo.continuum.io/miniconda/它有发布日期和版本。

来源

2017-09-27 21:55:11

可以证实这对我有用。我安装了先给我提出问题的东西，然后重新安装了spyder和所有其他工具，我没有遇到安装问题，因为我在第一次运行'conda install'后强行更新了这个问题。 – jamzsabb

这是正确的。谢谢乔恩。问题是python在构建时烘烤了几个编译器相关的变量。我们正在使用新的编译器，它们是“前缀”。 gcc不存在 - 只有x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc。这样做是为了避免冲突，但是以复杂化为代价（并且存在bug的风险）新的python软件包即将面市。此问题正在通过https://github.com/conda/conda/issues/6030 – msarahan

进行跟踪另外一个评论：您可以将新编译器作为gcc_linux-64软件包下载。还有gxx_linux-64和gfortran_linux-64--它们是分开的。这可能会让你更进一步。这实际上意味着与conda-build 3一起使用，但它也可能在conda-build之外很好地工作。只要确保你激活你的环境。激活设置了许多使编译器工作的重要环境变量。您可以激活根环境 - 只需输入source activation root – msarahan

-3

在某处，$PATH（例如，~/bin），做

ln -sf $(which gcc) x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc

不要把这个在系统目录中或畅达的bin目录，并记得删除的链接在问题解决的上游。 gcc --version应该是第6版

编辑：我理解对操纵系统路径注释的情绪，但也许我们可以背诵教义之前在手用一点批判性思维的实际情况。我们上面的命令实际上已经做了什么？无非是在个人的~/bin目录中放置一个名为x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc的可执行文件（符号链接）。

如果把东西在一个人的个人~/bin目录爆发未来conda（它修复了C编译器的路径指向gcc它嵌入后），那么这将是与conda的错误。这个命名繁杂的编译器是否会与其他任何东西混淆？不太可能。即使有东西拿起来，它毕竟只是你的系统gcc ...

来源

2017-09-28 04:33:59

现在我遇到同样的错误，但不同： 'cc1：错误：无法识别的命令行选项“-fstack-protector-strong” cc1：错误：无法识别的命令行选项“-fno-plt” pysam/libchtslib.c：1：错误：错误值（haswell）for -mtune =开关错误：命令'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'失败，退出状态1' –

我建议不要随意用符号链接来解决这类问题。 Jon Riehl提到了这个问题存在的一个错误和一个完善的解决方案（使用早期的conda）。 –

@ Sergio.pv您可能需要更新gcc。检查'gcc --version'并确保它至少是6. –

它现在应该是安全的更新conda。这个被固定在下面的Python包为Linux-64：

蟒-3.6.2-h0b30769_14.tar.bz2
蟒-2.7.14-h931c8b0_15.tar.bz2
蟒-2.7 0.13 hac47a24_15.tar.bz2
中的python-3.5.4-hc053d89_14.tar.bz2

问题是因为乔恩瑞尔描述的 - 我们（蟒蛇，前身为连续）建立我们所有的套餐与我们使用crosstool-ng创建了新的GCC包。这个软件包没有gcc，它有一个前缀gcc - 你看到的缺少的命令，x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc。这会变成python，并且用python构建的任何扩展都会去寻找那个编译器。我们使用添加到python 3.6的_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME变量修复了这个问题。我们已经支持python 2.7和3.5。您现在只能使用默认编译器（gcc）查看python，并且必须将_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME设置为适当的文件名才能使用新的编译器。设置这个变量是我们将要放入编译器包的激活脚本中的东西，所以你永远不需要担心它。但是，我们可能需要一两天才能获得新的编译器软件包，因此，如果您想使用新的编译器并需要入门帮助，请在conda-build问题跟踪器上发布问题。

无法执行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：没有这样的文件或目录（pysam安装）

回答

相关问题