带多线程的BLAS-LAPACK-ATLAS-R安装？

我试图在8核心AMD Athlon FX-8320的OpenSuSE 12.2服务器上设置ATLAS，BLAS，LAPACK和R.我已经使用cpufreq和James McDaniel制作的paste.opensuse.org/92162247脚本cfu关闭CPU频率缩放。带多线程的BLAS-LAPACK-ATLAS-R安装？

因此，按照说明，这里http://math-atlas.sourceforge.net/atlas_install/node45.html我不需要安装gcc（我知道呢）我有gcc（SUSE Linux）4.7.1 20120723安装，g ++和gfortran与gcc相同的版本。

该指令旨在制定ATLAS的假配置以确定要使用的编译器标志。 ATLAS在说明中配置为'../configure -b 64 -D c -DPentiumCPS = 2200 -Falg -fPIC'。我将其修改为我认为可以为我的设置工作'../configure -b 64 -t 8 -Fa alg -fpic -A x86_64 -D c -DpentiumCPS = 3500 -Si latune 1 --prefix =/usr/local/lib64 --with-netlib-lapack-tarfile =/opt/maths/lapack-3.4.2.tgz'我得到这些错误。

OS configured as Linux (1) 

Assembly configured as GAS_x8664 (2) 

Vector ISA Extension configured as AVXMAC (3,504) 
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0 
make[3]: *** [atlas_run] Error 44 
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2 
/bin/sh: line 1: 13849 Segmentation fault  ./xarchinfo_linux -a > config0.out 
make[3]: *** [atlas_run] Error 139 
make[2]: *** [IRunArchInfo_linux] Error 2 

Architecture configured as UNKNOWNx86 (35) 
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0 
make[3]: *** [atlas_run] Error 44 
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2 

Clock rate configured as 3500Mhz 
Parallel make command configured as '$(MAKE) -j 8' 
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0 
make[3]: *** [atlas_run] Error 44 
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2 
Cannot detect CPU throttling.

阿特拉斯使得Make.inc，如果我fgrep命令F77和F77的标志我得到 'gfortran-4.7' 和 '-O -mavx -fpic -m64'。也许-mavx标志处理AVXMAC错误？我需要-mavx吗？我会用我的指示继续...

来源

2013-04-05 Matt Thornton

有替代Atlas;你可以尝试OpenBLAS。 – 2013-04-05 21:04:44

谢谢德克！我读了你的比较文件。在本文中，您使用Ubuntu软件包管理器突触来安装libatlas3gf。我正在使用OpenSUSE 12.2，但尚未找到libatlas3gf。你是否手动编译了带有pthreads的ATLAS？我认为也许我已经被愚弄了，认为花费9个小时来进行“构建”，所有标准输出，标准错误和“调整”都会导致更少的错误或更快的BLAS。我将研究OpenBLAS。我想知道现在是否可以使用OpenMP进行安装。 – 2013-04-05 22:15:06

不，在Debian/Ubuntu中，您可以在BLAS实现之间轻松选择。 – 2013-04-06 00:08:51

（不是一个真正的答案，但难以阅读的评论）：对德克的建议

一些更多的考虑使用OpenBLAS。

我也使用OpenBLAS（在Ubuntu和CentOS系统上）。

一个考虑是在8吨12核的机器对我来说重要的是，OpenBLAS允许线程数的动态环境中使用，这ATLAS doesn't。为了从R中设置dynamicall的线程数，我使用了Simon Fuller's OpenBLASThreads。
OpenBLAS在两个系统上构建都非常简单。
二进制.deb包可用，但上次我检查它们时，它们的最大线程数设置为2. However, this is going to change。到目前为止，我还在大于2个核心的Ubuntu机器上构建了源代码库。

来源

2013-04-06 12:47:42 cbeleites

谢谢你的回复。我去了openblas，我正在努力解决一些错误。请去http://stackoverflow.com/questions/15868191/openblas-openmp-and-r-is-there-a-decent-test – 2013-04-07 21:46:52

带多线程的BLAS-LAPACK-ATLAS-R安装？

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