与GGPLOT2 geom_tile（）+ geom_point（）

Question

高亮的瓷砖，我有以下情节，看起来像：

我试图使用根据下面的代码在另一层加点发现here

我的数据帧我正在进口看起来像这样：

residue_id residue_num per_ddg pg9_seq_bool 
A 96 0.00437094862845686 FALSE 
A 97 -0.0026333752377897 FALSE 
A 98 -0.00453070737795937 FALSE 
A 99 -0.0130564560942629 TRUE 
A 100 -0.00578979380922636 FALSE 
A 101 -0.0128130535970934 FALSE 
A 102 -0.0264740211311766 FALSE 
A 103 -0.183036342874782 FALSE 
A 104 -0.00550669729238368 FALSE 

，并使用下面的代码来生成情节：

library(ggplot2) 
input_ddg <-read.table('per_residue_average.txt',header=T,sep="\t",stringsAsFactors=TRUE) 
input_ddg$pg9_seq_bool[input_ddg$pg9_seq == "TRUE"] <- T 
input_ddg$pg9_seq_bool[input_ddg$pg9_seq == "FALSE"] <- F 


pdf("output.pdf")                                      
ggplot(input_ddg, aes(residue_id,residue_num,fill=per_ddg)) +        
    theme_bw() +                 
    geom_tile() +     
    geom_point(data=input_ddg,aes(size=ifelse(pg9_seq_bool, "dot", "no_dot"))) + 
    scale_size_manual(values=c(dot=6,no_dot=NA))+                 
    scale_fill_gradient2(low="blue", mid="white",high="red", midpoint=-.25, na.value="black") +  
    ylab("Residue Number") +             
    xlab("Mutation Identity") +  
    scale_y_continuous(breaks=96:125,expand=c(0,0))+ 
    scale_x_discrete(expand=c(0,0))+ 
    labs(fill=expression(Delta*Delta*"G(REU)")) + 
    ggtitle(expression("Average"~Delta*Delta*"G for Mutations by CDR3 Position")) + 
    theme( panel.background=element_rect(fill="black"), panel.grid.minor=element_blank(), panel.grid.major=element_blank()) 
dev.off() 

我得到一个错误：

Error in grid.Call.graphics(L_setviewport, pvp, TRUE) : 
Non-finite location and/or size for viewport 
Calls: print ... lapply -> FUN -> push.vp.viewport -> grid.Call.graphics 
In addition: Warning message: 
Removed 461 rows containing missing values (geom_point). 
Execution halted 

我有一种感觉自己应有的与我的真假的解析与ifelse，但我跟着正好后。

Answer 1

首先，您不需要用数据fram input_ddg中的T和F替换TRUE和FALSE值。接下来，pg9_seq_bool列可以直接用于geom_point()的aes()。这将根据TRUE/FALSE值产生两种类型的点。然后用scale_size_manual()将FALSE设置为0，将TRUE设置为6。如果该点的大小不应出现在图例中，则在scale_size_maual()中添加参数guide="none"。

ggplot(input_ddg, aes(residue_id,residue_num,fill=per_ddg)) +        
    theme_bw() +                 
    geom_tile() +     
    geom_point(aes(size=pg9_seq_bool)) + 
    scale_size_manual(values=c(0,6),guide="none")