配置MPI hosts文件以使用多个用户标识

我想在不同的机器集（具有Open Mpi 1.5的所有Linux机器）上运行带有mpirun的程序。配置MPI hosts文件以使用多个用户标识

现在我有机器在那里我可以登录username A，和另一组机器，我使用username B。所有机器都可以通过SSH访问，但我无法弄清楚如何实现这一点。

我的hosts文件会是这样的：

localhost   #username local 

machine_set_A_1 #username A 
machine_set_A_2 #username A 
... 

machine_set_B_1 #username B 
machine_set_B_2 #username B 
...

它是实现这一目标成为可能。谢谢。

来源

2011-06-29 0xFF

linux，unix或Windows？ – Martlark

什么版本的mpi？ – Martlark

所有具有Open Mpi 1.5的Linux机器，问题更新 – 0xFF

-1

通常，您只需在每台要运行mpi作业的机器上安装mpi。然后在您的mipexec调用中，您将指定标识具有mpi的主机/机器的机器文件。 mpi smpd /守护进程将在每台主机上为您启动作业。

实施例：

mpiexec -f machinefile -n 32 a.out

机文件看起来像：

host1.some.place:16 
host2.some.place:16

这意味着两个主机与每个16个核。

参考：

mpich2 documentation

来源

2011-06-29 11:19:40 Martlark

以及它如何知道要在机器上执行命令时使用哪个用户？我的问题是我有不同的用户！ – 0xFF

我不知道unix。抱歉。 – Martlark

我能想到的要做到这一点的唯一方法是创建您的进程启动做SSH USER1 @主机对一些包装，而对于其他用户2 @主机名。您可以通过

mpirun -mca orte_rsh_agent "/path/to/mysshwrapper" -machinefile machines.txt -np 4 ./subarray

设置进程启动SSH代理，然后你必须适当的用户名参数注入呼叫从自己包装为SSH。

您当然还必须设置ssh密钥，以便您登录其他用户名帐户时将无密码。

来源

2011-06-30 14:42:13

可以创建一个SSH客户端配置文件，并用'Host'关键字指定不同的主机配置。对于每个主机，可以用'User'关键字指定登录用户名。应该比创建包装脚本更简单。 –

@HristoIliev是的，这在简单性和实用性方面都是一个更好的答案（即使在mpirun之外，这也是有用的）。你应该把它作为一个正确的答案，而不是对这个问题发表评论，这样才能获得应有的知名度。 –

试图找到我自己的问题的解决方案我刚刚找到类似的东西（在http://wiki.mpich.org/mpich/index.php/Using_the_Hydra_Process_Manager）。这可能对您有所帮助，但这是针对MPICH的。

使用水润上机与不同的用户名

水润只支持一些发射器（如ssh和rsh），使用不同的用户名。为此，主机文件应该包含一个“user =”条目。

一个例子

shell$ cat hosts 

     donner user=foo 
     foo  user=bar 
     shakey user=bar

编辑

有关的openmpi请参考：http://www.open-mpi.org/faq/?category=rsh#rhosts-file

来源

2012-11-16 13:46:39 kokosing

OpenSSH客户端支持每个主机配置，与此类似：

Host machine_set_A_1 machine_set_A_2 ... 
User username_A 

Host machine_set_B_1 machine_set_B_2 ... 
User username_B

Host指令将以下所有声明（直到下一个Host指令）都限制为仅适用于与主机名相匹配的连接，该连接与指令后给出的任何模式相匹配。

SSH客户端配置文件通常在/etc/ssh/ssh_config（系统范围配置）和~/.ssh/config（用户特定配置;指令覆盖来自系统配置的那些指令）中找到。

ssh_config(5)的手册页包含关于可用关键字的更多信息，以及有关支持哪些模式的更多信息（使用类似Host *.groupA.uni.edu（如果适用）可以节省某些键入的内容）。

来源

2012-11-16 14:21:23

+1;我认为这显然是做到这一点的方法。 –

@JonathanDursi，你的回答适用于更一般的情况，因为包装器也可以做其他不同的事情，而不是简单地指定正确的用户名（例如提供与SGE之类的集成）。你不应该删除它。 –

回想起来，它似乎是黑客，但如果你认为它可能在其他一些情况下有用，我会取消删除。 –

配置MPI hosts文件以使用多个用户标识

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