如何从2.0之前的networkx版本读取熊猫数据帧

Question

我需要生成一个来自熊猫数据帧的带弧属性的networkx图。在networkx 2.0版，我知道了from_pandas_dataframe功能的，我做我想要的东西如下：

graph=nx.from_pandas_dataframe(df_t, 'node2', 'node1', ['Transit Time','arctype','node1type','node2type','cpt'],nx.DiGraph()) 

但是在现阶段，我不得不使用networkx 1.9，不具有from_pandas_dataframe功能。我想知道我该如何做到这一点。任何帮助将不胜感激。

P.S.我在一个只有networkx v1.9的框架中部署我的应用程序。我没有时间在框架中升级networkx版本，所以我正在尝试更改自己的代码。

Answer 1

使用IPython，你可以找到它定义nx.from_pandas_dataframe文件：

In [125]: import networkx as nx 
In [126]: nx.from_pandas_dataframe? 
... 
File:  ~/.virtualenvs/muffy/lib/python3.4/site-packages/networkx/convert_matrix.py 

检查该文件（或source on github）显示from_pandas_dataframe相当简单，只取决于一个辅助函数，_prep_create_using。

所以，你可以创建一个文件utils_networkx.py并插入那里的 _prep_create_using和from_pandas_dataframe的定义。请确保将utils_networkx.py放置在您的PYTHONPATH环境变量中列出的目录中，以便Python可以将其作为模块导入。

然后，你可以使用这样的：

import numpy as np 
import pandas as pd 
import networkx as nx 
import utils_networkx as UNX 

r = np.random.RandomState(seed=5) 
ints = r.randint(1, 10, size=(3,2)) 
a = ['A', 'B', 'C'] 
b = ['D', 'A', 'E'] 
df = pd.DataFrame(ints, columns=['weight', 'cost']) 
df[0] = a 
df['b'] = b 
print(df) 
# weight cost 0 b 
# 0  4  7 A D 
# 1  7  1 B A 
# 2  10  9 C E 
G = UNX.from_pandas_dataframe(df, 0, 'b', ['weight', 'cost']) 
print(G['E']['C']['weight']) 
# 10 
print(G['E']['C']['cost']) 
# 9 

上面的代码来自from_pandas_dataframe docstring。